این اردوگاه در اولین سال برپایی حدود 4800 زندانی داشت که در ابتدا عمدتاً شامل کمونیست های آلمانی، سوسیال دمکرات ها، اعضای اتحادیه های کارگری و دیگر مخالفان سیاسی حکومت نازی ها می شد. با گذشت زمان، دیگر گروه ها، مانند اعضای فرقه شاهدان یهوه، کولیان، همجنس گرایان، افراد "غیر اجتماعی" و تبهکاران باسابقه نیز در داخائو زندانی شدند. در طول اولین سال های تأسیس اردوگاه، تعداد نسبتاً کمی از یهودیان در داخائو محبوس شدند که این نیز معمولاً به دلیل تعلق به یکی از گروه های فوق بود یا اینکه پس از متهم شدن به نقض قوانین 1935 نورنبرگ، دوران محکومیت خود را در زندان سپری می کردند.

در اوایل سال 1937، مأموران اس اس با بکارگیری زندانیان شروع به احداث مجموعه بزرگی از ساختمان در محوطه اردوگاه اصلی کردند. در ابتدا، زندانیان در شرایطی طاقت فرسا مجبور بودند کارخانه قدیمی تسلیحات سازی را تخریب کنند. احداث ساختمان در اواسط اوت 1938 بطور رسمی کامل شد و تا سال 1945 تغییر اساسی در اردوگاه صورت نپذیرفت. به این صورت، داخائو در تمام دوره حکومت رایش سوم دائر بود.

تعداد زندانیان یهودی در داخائو با تشدید آزار و اذیت یهودیان افزایش یافت و در تاریخ 11-10 نوامبر 1938، پس از "شب شیشه های شکسته" بیش از 10000 مرد یهودی در آنجا زندانی شدند.( بیشتر مردان این گروه پس از حبس های چندهفته ای یا چند ماهه- و بسیاری از آنها پس از اثبات اینکه مقدمات مهاجرت از آلمان را فراهم کرده بودند- آزاد شدند.)

اردوگاه داخائو مرکز تعلیم نگهبانان اس اس برای اردوگاه های کار اجباری بود و نحوه سازماندهی و امور روزمره این اردوگاه الگوی تمام اردوگاه های کار اجباری نازی ها قرار گرفت. محوطه این اردوگاه از 32 بازداشتگاه تشکیل شده بود که یکی از آنها ویژه روحانیونی بود که به دلیل مخالفت با حکومت نازی ها زندانی شده بودند و یکی هم به آزمایش های پزشکی اختصاص یافته بود. مرکز سرپرستی اردوگاه در اتاقی در محوطه ورودی اصلی قرار داشت. در محوطه اردوگاه یک سری ساختمان کمکی، شامل آشپزخانه، رختشویخانه، حمام و کارگاه و همچنین یک بلوک زندان ( بانکر) قرار داشت. حیاط بین زندان و آشپزخانه مرکزی برای اعدام های فوری زندانیان مورد استفاده قرار می گرفت. یک حصار مجهز به سیم های خاردار متصل به برق، یک گودال و دیواری با هفت برج نگهبانی اردوگاه را احاطه کرده بود.

در سال 1942، محوطه کوره های جسد سوزی، شامل کوره جسد سوزی قدیمی و یک کوره جسد سوزی جدید (Barrack X) و یک اتاق گاز، در کنار اردوگاه اصلی ساخته شد. هیچ مدرک معتبری مبنی بر استفاده از اتاق گاز واقع در آنجا برای کشتن انسان ها وجود ندارد. در عوض، زندانیان را جدا می کردند و کسانی را که بیمار یا ناتوان از کار کردن تشخیص می دادند برای فرستادن به مرکز "کشتن از سر ترحم" هارتهایم در نزدیکی لینتس اتریش "انتخاب" می کردند. چندین هزار زندانی داخائو در هارتهایم کشته شدند. علاوه بر این، مأموران اس اس محدوده تیراندازی و چوبه های دار در محوطه کوره های جسد سوزی را به عنوان محل کشتن زندانیان مورد استفاده قرار می دادند.

در داخائو، مثل دیگر اردوگاه های نازی ها، پزشکان نازی روی زندانیان آزمایش های پزشکی انجام می دادند- از جمله آنها را در اتاقکی قرار می دادند که فشار هوای آن را تقلیل داده بودند تا شرایط طاقت فرسای ارتفاعات بلند را در آن بوجود آورند. یا آنها را مورد آزمایش های مالاریا، سل و هیپوترمی (کاهش دادن غیرطبیعی دمای بدن) قرار می دادند. پزشکان نازی همچنین شیوه های جدید درمان را روی آنان امتحان می کردند. علاوه بر این، از زندانیان برای امتحان کردن انواع روش های قابل شرب کردن آب دریا و یا متوقف ساختن خونریزی های شدید استفاده می کردند. صدها زندانی در اثر این آزمایش ها جان خود را از دست دادند یا برای همیشه علیل شدند.

زندانیان داخائو برای بیگاری مورد استفاده قرار می گرفتند. آنها ابتدا در به راه انداختن اردوگاه، پروژه های مختلف ساختمانی و صنایع دستی کوچک به کار گرفته می شدند. زندانیان جاده می ساختند، در معدن شن کار می کردند و باتلاق ها را تخلیه می کردند. در طول جنگ، استفاده از کارگران برای بیگاری در تولید تسلیحات به میزان روزافزونی اهمیت یافت.

اردوگاه های فرعی داخائو

در تابستان و پاییز 1941، به منظور افزایش تولیدات جنگی، اردوگاه های وابسته و تحت نظارت داخائو نزدیک به کارخانه های تسلیحات در سراسر جنوب آلمان تأسیس شدند. داخائو خود بیش از30 اردوگاه فرعی بزرگ داشت که در آن بیش از 30000 زندانی تقریباً فقط در زمینه تسلیحات کار می کردند. هزاران زندانی تا سر حد مرگ کار می کردند.

آزادسازی داخائو

هنگام پیشروی نیروهای متفقین به سوی آلمان، آلمانی ها شروع به انتقال زندانیان از اردوگاه های کار اجباری نزدیک به جبهه کردند تا مانع از آزادی تعداد بی شماری از زندانیان شوند. گروه های زندانیان از اردوگاه های تخلیه شده مرتب با قطار وارد داخائو می شدند و این امر موجب وخامت شدید شرایط آنجا شده بود. زندانیان پس از روزهای متمادی که بدون آب و غذا در سفر بودند، ضعیف و خسته- و اغلب در حال مرگ- به اردوگاه می رسیدند. شیوع تیفوس در اثر ازدحام بیش از حد، شرایط غیر بهداشتی، مواد غذایی ناکافی و ضعف جسمانی زندانیان به معضلی جدی تبدیل شده بود.

در 26 آوریل 1945، هنگام نزدیک شدن نیروهای امریکایی، در داخائو و اردوگاه های فرعی آن 67665 زندانی که نامشان به ثبت رسیده بود وجود داشت؛ بیش از نیمی از آنها در اردوگاه اصلی بودند. 43350 نفر از این تعداد به عنوان زندانی سیاسی دسته بندی شده بودند، در حالی که 22100 نفر از آنها یهودی و بقیه از گروه های مختلف دیگر بودند. همان روز آلمانی ها بیش از 7000 نفر، که اکثر آنها یهودی بودند را وادار به راه پیمایی مرگ از داخائو تا جنوبی ترین بخش در تگرنزه کردند. در طول راه پیمایی، آلمانی ها هر کسی را که قادر به ادامه راه رفتن نبود تیرباران می کردند. بسیاری نیز از گرسنگی، سرما یا خستگی جان خود را از دست دادند. در 29 آوریل 1945، نیروهای امریکایی داخائو را آزاد کردند. آنها هنگام نزدیک شدن به اردوگاه بیش از 30 واگن قطار پر از جسد یافتند که وارد داخائو شده بود. تمامی این اجساد در آخرین مراحل پوسیدگی و تجزیه قرار داشتند. نیروهای امریکایی در اوایل ماه مه 1945 زندانیانی را که به راه پیمایی مرگ فرستاده شده بودند، آزاد کردند.

تعداد زندانیان محبوس در داخائو بین سال های 1933 و 1945 از 188000 نفر فراتر رفت. تعداد زندانیانی که از ژانویه 1940 تا ماه مه 1945 در آن اردوگاه و اردوگاه های فرعی جان خود را از دست دادند حداقل 28000 بود. به این رقم بایستی تعدادی که از سال 1933 تا پایان 1939 در آنجا جان سپردند و همچنین زندانیانی که نامشان ثبت نشده بود را افزود. احتمال تعیین تعداد کامل قربانیانی که در داخائو جان خود را از دست دادند بعید است.