پس از انضمام اتریش به آلمان در مارس ١٩٣٨، نازی ها، یهودیان آلمانی و اتریشی را دستگیر کرده و آنها را در اردوگاه های کار اجباری داخائو، بوخنوالت و زاكسنهاوزن در آلمان زندانی کردند. نازیها پس از کشتارهای دسته جمعی گسترده و خشونت آمیز "شب شیشه های شکسته" (Kristallnacht) در نوامبر ١٩٣٨، مردان بزرگسال یهودی را به طور گروهی دستگیر کرده و آنها را برای مدت کوتاهی در اردوگاه ها زندانی کردند.

به دنبال تهاجم آلمان به لهستان در سپتامبر 1939، نازی ها اردوگاه های بیگاری را دایر کردند؛ در این اردوگاه ها هزاران زندانی در اثر خستگی، گرسنگی و سرما جان سپردند. واحدهای اس اس مسئولیت حفاظت از این اردوگاه ها را بر عهده داشتند. طی جنگ جهانی دوم، سیستم اردوگاهی نازی سریعاً توسعه یافت. در بعضی از اردوگاه ها، پزشکان نازی آزمایش های پزشکی روی زندانیان انجام می دادند.

به دنبال تهاجم آلمان به اتحاد شوروی در ژوئن ١٩٤١، نازی ها تعداد اردوگاه های اسرای جنگ را افزایش دادند. برخی از اردوگاه های جدید در مجموعه اردوگاه های کار اجباری موجود (مانند آشویتس) در لهستان اشغالی ساخته شدند. اردوگاهی در لوبلین که بعداً به نام مایدانک مشهور شد، در پاییز ١٩٤١ به عنوان اردوگاه اسرای جنگی ساخته شد اما در ١٩٤٣ به یک اردوگاه کار اجباری تبدیل شد. در آنجا هزاران اسیر جنگی شوروی تیرباران یا با گاز کشته شدند.

برای پیشبرد طرح "راه حل نهایی" (نسل کشی یا نابودی دسته جمعی یهودیان)، نازی ها اردوگاه های مرگ را در لهستان، یعنی کشوری با بیشترین جمعیت یهودی، دایر كردند. اردوگاه های مرگ برای كشتار های گسترده و کارآمد طراحی شده بودند. خلمنو، اولین اردوگاه مرگ، در دسامبر ١٩٤١ افتتاح شد. در این اردوگاه، یهودیان و کولی ها در وانت های سیار گاز به قتل می رسیدند. در ١٩٤٢، نازی ها اردوگاه های مرگ بلزک، سوبیبور و تربلینکا را به منظور کشتارهای سازمان یافته یهودیان در فرمانداری كل لهستان (منطقه ای در لهستان اشغالی) دایر کردند.

نازی ها اتاق های گاز (اتاق های انباشته از گاز سمی به منظور کشتن افراد) را برای افزایش كارآیی کشتارها و بی طرفانه تر جلوه دادن این روند نزد مرتکبین این جنایات ساختند. اردوگاه مرگ برکناو -واقع در مجتمع اردوگاه آشویتس- چهار اتاق گاز داشت. در بالاترین میزان تبعید به این اردوگاه، همه روزه تعداد ٨ هزار یهودی با گاز كشته می شدند.

یهودیان ساكن سرزمینهای تحت اشغال نازی ها، در مسیر خود به مراكز كشتار در لهستان ابتدا به اردوگاه های موقت پناهندگان مانند وستربورک (Westerbork) در هلند، یا درنسی (Drancy) در فرانسه انتقال می یافتند. اردوگاه های موقت معمولاً آخرین توقف قبل از تبعید به اردوگاه مرگ تلقی می شد.

میلیونها نفر در انواع گوناگون اردوگاه های نازی ها زندانی شده و مورد بدرفتاری قرار گرفتند. آلمانی ها و همدستانشان با نظارت نیروهای اس اس بیش از سه میلیون یهودی را فقط در اردوگاه های مرگ به قتل رساندند. فقط تعداد کمی از زندانیان اردوگاه های نازی ها از چنگال مرگ رهایی یافتند.