خلال السنوات الخمس اللأوائل من حياتها عاشت آن مع والديها وأختها الكبرى مارغوت في شقة على أطراف مدينة فرانكفورت. بعد استيلاء النازيين على السلطة عام 1933 فر أوتو فرانك إلى أمستردام في هولندا حيث كان له ارتباطات تجارية. تبعت بقية الأسرة أوتو وكانت آن هي أخر فرد من الأسرة يصل في فبراير 1934 وذلك بعد أن أقامت مع أجدادها في آخن.

احتل الألمان أمستردام في مايو 1940 وفي يوليو 1942 بدأت السلطات الألمانية ومعاونيها الهولنديين بتجميع اليهود من جميع أنحاء هولندا في ويستيربورك، وهو محتشد عبور بالقرب من مدينة أسن الهولندية، وليس بعيدا عن الحدود الألمانية. من ويستيربورك، رحل الألمان اليهود إلى مراكز قتل أوشفيتز– بيركيناو وسوبيبور في بولندا المحتلة من قبل ألمانيا.

خلال الأسبوع الأول من يوليو اختبأت آن وعائلتها في إحدى الشقق التي كان من شأنها في نهاية المطاف اخفاء أربعة من اليهود الهولنديين - هيرمان وأوغست وبيتر فان بالس وفريتز بفيفير الذين عاشوا لمدة سنتين في شقة سرية تقع خلف مكتب تجاري مملوك من الأسرة و الواقع في 263، شارع برينسينغراخت، الذي أشارت إليه آن في مفكرتها بالمرفق السري. أصدقاء وزملاء أوتو فرانك يوهانس كليمان و فيكتور كوجلر ويان جيس وميب جيس قد سبق وأن ساعدوا في إعداد مكان للاختباء وإعداد الأغذية والملابس المهربة لأسرة فرانك وعرضوا حياتهم للخطر. في 4 أغسطس 1944 اكتشفت الجستابو (الشرطة السرية الألمانية) مخبأهم عن طريق مكالمة من قبل مجهول هولندي.

وفي اليوم نفسه أعلن مسؤول الجستابو الرقيب كارل سيلبيرباور واثنين من المتعاونين مع الشرطة الهولندية اعتقال أسرة فرانك وأرسلتهم الجستابو إلى ويستيربورك في 8 أغسطس. وبعد شهر وذلك في سبتمبر 1944 وضعت الجستابو وسلطات الشرطة أسرة فرانك وأربعة آخرين مختبئين معها على متن قطار نقل من ويستيربورك إلى أوشفيتز، وهو مجمع لمحتشدات اعتقال ألمانية في بولندا المحتلة. نظرا لشبابها أختيرت آن للعمل أما أختها مارغوت فقد نقلت إلى محتشد اعتقال بيرغن بيلسن بالقرب من سالي في شمال ألمانيا في أواخر أكتوبر 1944.

توفيت كل من الأختين بالتيفوس وذلك في مارس 1945، قبل أسابيع معدودة من تحرير القوات البريطانية لبيرغن بيلسن في 15 أبريل 1945. اختار مسؤولو الجستابو والد آن أيضا للعمل. أما والدتها فقد ماتت في أوشفيتز أوائل يناير 1945. والد آن أوتو هو الوحيد الذي نجا من الحرب إذ حررته القوات السوفييتية من أوشفيتز في 27 يناير 1945.

عند اختبائها كانت آن تحتفظ بمفكرة تحتوي على المخاوف والآمال والتجارب التي مرت بها خلال تلك الفترة. وقد وجدت هذه المفكرة في الشقة السرية بعد اعتقال الأسرة. تم الاحتفاظ بهذه المفكرة من قبل ميب جيس، أحد أولئك الذين ساهموا في إخفاء أسرة فرانك. ثم نشرت بعد الحرب وترجمت إلى لغات عديدة كما استخدمت في مناهج الآلاف من المدارس الثانوية في أوروبا وأمريكا. أصبحت آن فرانك رمزا لفقدان أمل الأطفال الذين ماتوا في المحرقة.