Kurbanlar arasında Yahudiler, Romanlar (Çingeneler) Sovyet ülkeleri ve Sovyet Komünist partisinin yetkilileri vardı. Einsatzgruppen ayrıca yetiştirme kurumlarında kalan zihinsel ve bedensel engelli binlerce kişiyi de öldürdü. Birçok düşünür işgal edilen Sovyetler Birliği'ndeki Yahudilerin Einsatzgruppen ve Ordnungspolizei (Düzen Polisi) müfrezeleri tarafından öldürülmesinin, Nazilerin tüm Avrupalı Yahudileri katletme planı “Nihai Çözüm”ün ilk adımı olduğuna inanır.

Sovyetler Birliği'nin Haziran 1941'deki işgali sırasında, Sovyet topraklarının içlerine doğru ilerken Einsatzgruppen orduyu takip etmiştir. Genellikle yerel sivil halkın ve polisin desteğinden yararlanan Einsatzgruppen toplu katliam operasyonları yürüttü. Sonradan uygulanan Yahudilerin kendi köylerinden ve kasabalarından ya da gettolarından ölüm merkezlerine sürgün edilmesi yönteminin aksine, Einsatzgruppen doğrudan Yahudi topluluklarının evlerine gelerek katliam yaptı.

Alman ordusu Einsatzgruppen'e teçhizat, ulaşım, barınma, kimi zaman da esirlerin taşınması ve kontrol edilmesi için birlikler göndererek insan gücü şeklinde lojistik destek sağladı. Einsatzgruppen başlangıçta yalnızca Yahudi erkeklerini öldürdü. Ancak 1941 yazının sonuna kadar, Einsatzgruppen gittiği her yerde Yahudi kadınları, erkekleri ve çocukları, yaş ya da cinsiyet ayrımı yapmaksızın, vurarak öldürdü ve toplu mezarlara gömdü. Çoğunlukla yerel muhbir ve yorumcuların yardımıyla, belirli bir yerde bulunan Yahudilerin kimliği tespit edildi ve bu kişiler toplama noktalarına götürüldü. Sonra çukurların önceden kazılmış olduğu infaz alanlarına yük arabalarında ya da yürüyerek götürüldüler. Bazen esir kurbanlar kendi mezarlarını kazmak zorunda kaldı. Kurbanların eşyalarını teslim etmesi ve soyunmasının ardından, kadınlar, erkekler ve çocuklar açık çukurun önünde dururken “askeri stilde” ya da çukura karşı yüzüstü uzanırken “balık istifi” olarak bilinen stilde öldürüldü.

Einsatzgruppen tarafından en sık başvurulan öldürme yöntemi ateş ederek öldürmeydi. Ancak 1941 yazında, ateş ederek yapılan toplu ölümlerin adamları üzerindeki psikolojik yükü fark eden Heinrich Himmler daha uygun bir öldürme yönteminin geliştirilmesini talep etti. Sonuç olarak kurbanları öldürmek için egzozundan karbon monoksit çıkan bir kargo kamyonunun üzerine yerleştirilmiş mobilize gaz odası, yani gaz arabası üretildi. Gaz arabaları doğu sınırında ilk kez 1941 sonbaharının bitimine doğru ortaya çıktı ve ateş ederek öldürmenin yanı sıra, Einsatzgruppen'in faaliyet gösterdiği pek çok bölgede Yahudilerin ve diğer kurbanların öldürülmesi için kullanıldı.

Alman ordusunu Sovyetler Birliği'nin içlerine doğru takip eden Einsatzgruppen müfreze büyüklüğünde dört operasyon grubundan oluşuyordu. Eisatzgruppe A yelpaze gibi açılacak Doğu Prusya'dan Litvanya, Letonya ve Estonya'ya, oradan Leningrad'a (şimdiki St. Petersburg) kadar ilerledi. Kovno, Riga ve Vilna'daki Yahudileri katletti. Einsatzgruppen B işgal altındaki Polonya'da Varşova'dan başladı ve Belarusya üzerinden diğer yerlerin yanı sıra Grodno, Minsk, Brest-Litovsk, Slonim, Gomel ve Mogilev'deki Yahudileri öldürerek Smolensk ve Minsk'e kadar ilerledi. Einsatzgruppe C, operasyonlarına Krakow'da (Cracow) başladı ve Batı Ukrayna'dan Khorhov ve Rostov-on-Don'a kadar ilerledi. Einsatzgruppe C'nin personeli Einsatzgruppe 4a koluna ait birliklerin Eylül 1941'in sonunda iki günde Babi Yar Boğazı’nda 33.771 Kievli Yahudiyi öldürdüğü Kiev'deki, Lvov, Tarnopol, Zolochev, Kremenets, Kharkov, Zhitomir'deki katliamları yönetti. Dört birlik arasından, Einsatzgruppe D güneydeki en uzak noktalarda faaliyet gösterdi. Einsatzgruppe D'nin personeli Güney Ukrayna ve Kırım'da, özellikle Nikolayev, Kherson, Simferopol, Sevastopol, Feodosiya, ve Krasnodar bölgesinde katliamlar yaptı.

Einsatzgruppen Almanlar ve Mihver ülke devletlerinden, yerel işbirlikçilerden ve diğer SS birimlerinden çok yardım gördü. Einsatzgruppen üyeleri SS, Waffen SS (SS'in askeri yapılanması), SD, Sipo, Ordnungspolizei ve diğer kolluk birimlerindendi.

1943 baharına kadar, Einsatzgruppen ve Ordnungspolizei müfrezeleri bir milyondan fazla Sovyet Yahudi'sini ve on binlerce Sovyet siyasi komiseri, partizanı, Romanları ve kurumlarda kalan engelli kişiyi öldürdü. Mobilize öldürme yöntemlerinin, özellikle ateş ederek öldürmenin, verimsiz olduğu ve öldüren kişiler üzerinde külfetli bir etki bıraktığı ortaya çıktı. Einsatzgruppen'in kendi operasyonlarını yürüttüğü esnada bile, Alman yetkililer daha fazla Yahudiyi öldürebilmek için tek noktadan yönetilen ölüm merkezlerinde sabit gaz odası tesisleri kurma planlarına başladı ve söz konusu tesisleri inşa etti.