در بیانیه اکتبر 1943 مسکو، كه از سوی وزرای امور خارجه دولت های ایالات متحده، انگلستان و اتحاد جماهیر شوروی امضا شد؛ چنین آمده بود که در زمان آتش بس کسانی که مسببین جنایات جنگی تشخیص داده می شدند به کشورهای محل ارتکاب جنایت بازگردانده می شدند تا طبق قوانین کشور مربوطه محاکمه شوند. جنایتکاران "اصلی" جنگی که جنایات آنها به مکان های جغرافیایی خاصی محدود نمی شد، با حکم مشترک دولت های متفقین مجازات می شدند. محاکمه مقامات برجسته آلمان در "دادگاه نظامی بین المللی" كه مشهورترین دادگاه جنایات جنگی پس از جنگ است در حضور قضاتی به نمایندگی از چهار نیروی متفقین در نورنبرگ آلمان صورت گرفت.

از ١٨ اکتبر ١٩٤٥ تا ١ اکتبر ١٩٤٦، دادگاه نظامی بین المللی ٢٢ تن از جنایتکاران "اصلی" جنگی آلمان را به اتهام جنایت ضد صلح، جنایات جنگی، جنایت علیه بشریت و توطئه برای ارتکاب چنین جنایاتی محاکمه کرد. دادگاه نظامی بین المللی، جنایت علیه بشریت را اینگونه تعریف می کند: "کشتار، نابودی، اسارت، تبعید... یا شکنجه به دلایل سیاسی، نژادی، یا مذهبی". ١٢ تن از مجرمین از جمله هانس فرانک، هرمان گورینگ، آلفرد روزنبرگ و یولیوس اشترایشر محکوم به مرگ شدند. دادگاه نظامی بین المللی سه نفر از متهمین را به حبس ابد و چهار نفر را به ١٠ تا ٢٠ سال زندان محکوم کرد. دادگاه سه نفر از متهمین را تبرئه کرد.

دادگاه های نظامی ایالات متحده، تحت نظر دادگاه های نظامی بین المللی، ١٢ تن دیگر از مقامات عالی رتبه آلمان را در نورنبرگ محاکمه کردند. اغلب این محاکمات در مجموع "دادرسی های بعدی نورنبرگ" نامیده می شود. بین دسامبر 1946 و آوریل 1949، دادستان های ایالات متحده 177 نفر را محاکمه کردند و موفق شدند 97 نفر از متهمان را محکوم کنند. پزشکان اصلی، اعضای "واحدهای سیار کشتار"، اعضای وزارت دادگستری آلمان و وزارت امور خارجه آلمان، برخی از فرماندهان عالی رتبه و کارخانه داران آلمانی از کسانی بودند که محاکمه شدند.

اکثریت قاطع محاكمه های جنایات جنگی پس از ١٩٤٥، مربوط به مقامات و مأموران دون پایه بود. در سال های پس از جنگ، چهار کشور اصلی متفقین- ایالات متحده، بریتانیای کبیر، فرانسه و اتحاد جماهیر شوروی- که آلمان (و اتریش) را اشغال کرده بودند محاکماتی را در نواحی تحت اشغال خود برگزار کردند و مجرمان گوناگونی را به دلیل اتهامات مربوط به دوران جنگ محاکمه کردند. بسیاری از محاکمات اولیه در مناطق تحت اشغال- بویژه در منطقه آمریکایی ها- در خصوص قتل آن دسته از پرسنل نظامی متفقین بود که به دست سربازان آلمانی و متحدین اسیر شده بودند. اما با گذشت زمان نیروهای اشغالگر متفقین حیطه اختیارات قضایی خود را گسترش دادند تا نگهبانان و فرماندهان اردوگاه های کار اجباری و همچنین افراد دیگری را محاکمه کنند که علیه یهودیان مرتکب جرم شده بودند و یا دیگران را در نواحی تحت اشغال متفقین مورد آزار و اذیت قرار داده بودند. بخش عمده ای از اطلاعات اولیه ما در باره نظام اردوگاه های کار اجباری آلمان، از مدارک و شهادت ناظران عینی این محاکمات گرفته شده است.

مقامات اشغالگر نیروهای متفقین خواهان "نازی زدایی" از آلمان بودند و بازسازی نظام دادگاهی آلمان را گامی مهم در این مسیر می دانستند. "قانون دهم شورای کنترل متفقین" در تاریخ 10 دسامبر 1945، به دادگاه های آلمان اختیار داد تا برای آن دسته از شهروندان آلمانی که طی سال های جنگ علیه دیگر اتباع آلمانی یا افراد بدون ملیت مرتکب جرم شده بودند، حکم صادر کند. به همین دلیل، مقامات اشغالگر جرم های مربوط به کشتن از سر ترحم- که در آنها قربانیان و مجرمان عمدتاً اتباع آلمان بودند- را به دادگاه های بازسازی شده آلمان واگذار کردند. این دادرسی ها نمایانگر نخستین محاکمات ملی آلمان در نخستین دوره پس از جنگ بودند. جمهوری آلمان فدرال (آلمان غربی) و جمهوری آلمان دموکراتیک (آلمان شرقی)- در دهه های پس از تأسیس خود به عنوان حکومت های مستقل- به محاکمه متهمان دوره نازی ها ادامه دادند. تا امروز جمهوری فدرال ( آلمان غربی پیشین و آلمان متحد کنونی) در 925 دادرسی، متهمان جنایات دوره حکومت ناسیونال سوسیالیست را محاکمه کرده است. بسیاری از منتقدان، دادرسی های آلمان- بویژه در دهه های 1960 و 1970- را به دلیل صدور حکم تبرئه یا احکام سبک برای متهمان سالخورده یا متهمانی که ادعای اطاعت از فرمان مافوق را داشتند، مورد انتقاد قرار داده اند.

در بسیاری از کشورهایی که آلمان طی جنگ جهانی دوم اشغال کرده بود یا اینکه با آلمانی ها در آزار و اذیت افراد غیر نظامی- بویژه یهودیان- همکاری کرده بودند نیز در سال های پس از جنگ جهانی دوم محاکمات ملی برگزار شد. لهستان، چکوسلواکی سابق، اتحاد جماهیر شوروی، مجارستان، رومانی و فرانسه و سایر کشورها، هزاران متهم- هم آلمانی ها و هم همدستان محلی آنها- را در دهه های پس از 1945 محاکمه کردند. نخستین محاکمه همدستان محلی آلمانی ها با عنوان "محاکمه کرسنادار" در سال 1943- مدت ها پیش از پایان جنگ جهانی دوم- در اتحاد جماهیر شوروی برگزار شد. شاید بتوان گفت که معروف ترین محاکمه ملی بعد از دوران جنگ در لهستان در سال 1947 در کراکوف برگزار شد. در این دادرسی، تعدادی از مأموران اردوگاه کار اجباری آشویتس محاکمه و رودولف هوس، فرمانده این اردوگاه و چند نفر دیگر به مرگ محکوم شدند. یکی از معروف ترین محاکمات ملی مجرمان آلمانی در اورشلیم برگزار شد: محاکمه آدولف آیشمان- معمار اصلی تبعید یهودیان اروپا- در سال 1961 در برابر یک دادگاه اسرائیلی انجام گرفت که توجه تمام جهانیان و همچنین نسل تازه پس از جنگ را به جنایات هولوکاست جلب کرد.

بسیاری از مجرمان جنایات دوره نازی ها متأسفانه هیچگاه محاکمه یا مجازات نشدند. در بسیاری از موارد، مجرمان آلمانی جنایات ناسیونال سوسیالیست ها به راحتی به زندگی عادی و مشاغل خود در جامعه آلمان بازگشتند. در حال حاضر، تعقیب مجرمان جنگی آلمان و متحدین کماکان ادامه دارد.