Niveau stratégique
Au niveau stratégique, un commandement assume les responsabilités opérationnelles, le Commandement allié "Opérations", commandé par le SACEUR. Il assume les fonctions opérationnelles exercées auparavant par le Commandement allié en Europe et le Commandement allié de l'Atlantique. Le SACEUR continue d'exercer une double fonction, étant aussi commandant du Commandement des forces des Etats Unis en Europe. Par ailleurs, un nouveau commandement fonctionnel, le Commandement allié "Transformation", commandé par le Commandant suprême allié "Transformation" (SACT) a été créé pour promouvoir et superviser la transformation continue des forces et capacités de l'Alliance.
Le Commandement allié "Opérations", dont le quartier général est le SHAPE, près de Mons (Belgique), est responsable de toutes les opérations de l'Alliance. Les échelons au-dessous du SHAPE sont largement rationalisés, avec une diminution du nombre de quartiers généraux. Le niveau opérationnel se compose de deux commandements de forces interarmées (JFC) permanents – l'un à Brunssum (Pays Bas), l'autre à Naples (Italie) – qui permettent de conduire des opérations à partir de leurs emplacements fixes ou de mettre en place un QG de Groupe de forces interarmées multinationales (GFIM) basé à terre et d'un QG interarmées permanent (JHQ) – à Lisbonne (Portugal) – solidement constitué mais plus limité, auquel on peut faire appel pour obtenir une capacité de QG de GFIM déployable basé en mer.
Niveau des composantes ou niveau tactique
Le niveau des composantes ou niveau tactique comprend six commandements de composante de forces interarmées (JFCC), qui apportent aux éléments de niveau opérationnel les compétences propres aux différentes armées – Terre, Mer ou Air. Bien que disponibles pour toute opération, ces commandements de composante sont subordonnés à un des commandants de forces interarmées. S'agissant du commandement de forces interarmées basé à Brunssum, il y a un commandement de composante Air à Ramstein (Allemagne), un commandement de composante Mer à Northwood (Royaume Uni) et un commandement de composante Terre à Heidelberg (Allemagne). S'agissant du commandement de forces interarmées basé à Naples, il y a un commandement de composante Air à Izmir (Turquie), un commandement de composante Mer à Naples et un commandement de composante Terre à Madrid (Espagne).
Outre ces commandements de composante, il y a quatre centres d'opérations aériennes combinées (CAOC) fixes – Uedem (Allemagne), Finderup (Danemark), Poggio Renatico (Italie) et Larissa (Grèce) – et deux déployables – Uedem et Poggio Renatico. Comme les CAOC déployables doivent mettre à l'épreuve leur capacité de mobilisation et de déploiement, les installations actuelles de la base aérienne de Torrejon, en Espagne, servent de site principal pour l'entraînement et la mise à l'épreuve des CAOC déployables dans cette région. Un petit élément OTAN de soutien des installations aériennes est stationné à Torrejon, afin d'assurer le soutien de cette capacité.
Commandement allié "Transformation" (ACT)
Le Commandement allié "Transformation" (ACT), dont le quartier général est situé à Norfolk (Etats Unis), supervise la transformation des capacités militaires de l'OTAN. Il permet ainsi d'améliorer l'entraînement et les capacités, d'élaborer et de mettre à l'épreuve des doctrines, et de mener des expériences pour évaluer de nouveaux concepts. Il facilite également la diffusion et l'introduction de nouveaux concepts et favorisera l'interopérabilité.
Il y a, en Belgique, un élément d'état major ACT, qui s'occupe principalement des questions relatives aux ressources et à la planification de la défense.
L'ACT comprend le Centre de guerre interarmées (Norvège), un nouveau Centre d'entraînement de forces interarmées (Pologne) et le Centre interarmées d'analyse des enseignements tirés (Portugal). Le quartier général ACT supervise également le Centre de recherche sous-marine de La Spezia (Italie). Des liens directs sont établis entre l'ACT, les écoles de l'Alliance et les agences de l'OTAN ainsi que le Commandement des forces interarmées des Etats Unis. Un Centre OTAN d'entraînement aux opérations d'interdiction maritime (Grèce), est également associé à l'ACT. En outre, le commandement peut compter sur le soutien d'un certain nombre de centres d'excellence parrainés par un ou plusieurs pays et dont les activités sont axées sur des efforts de transformation dans des domaines militaires spécifiques.
