HIV molecular immunology database
Download summary of best neutralizing antibodies as CSV or XLS files.
This is a list of most broadly neutralizing HIV antibodies, with links to papers, Ab sequences and structure, notes on breadth of neutralization, Ab contact or key residues and heavy and light chain composition. Note: this is a work in progress, so not all relevant papers and antibodies are listed.
| Mab | Binding site | Author Journal Pmid |
First paper | Breadth of neutralization with IC50<50 μg/ml | Breadth of neutralization with IC80 or IC90<50 μg/ml | Structure, PDB ID | Ab sequence | Heavy chain | Light chain | Germline Ab sequence | Ab binding affinity | Listings of antibody contact or key residues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VRC01 | CD4bs | Wu2010 Science 20616233 |
YES | 91% of 190 isolates, representing major HIV-1 clades | 86% of 190 isolates, representing major HIV-1 clades, with IC80 | GI:294875838 -- heavy chain variable region GI:294875848 -- light chain variable region |
V: IGHV1-02*02 D: IGHD3-16*01 (or *02) J: IGHJ1*01 or IGHJ2*01 |
V: IGKV3-11*01 J: IGKJ2*01 |
Fig. S5 | Bound strongly to RSC3 and gp120 and weakly to ΔRSC3, Fig. 2 and S4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Zhou2010 Science 20616231 |
3NGB | |
Fig. S12 | Figs. 5, 6, S3 | Env, defined by crystal structure: Fig S1. Antibody, defined by crystal structure: Fig. S9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wu2011 Science 21835983 |
|
Sequence, Figs. 1, S14, S18. Phylogenic analysis, Fig. 5, Fig. S13 | Antibody, defined by crystal structure, compared to key residues of other CD4bs antibodies, Fig. S4. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Scheid2011 Science 21764753 |
100% of 118 isolates representing major HIV-1 clades | |
Fig. 3, Table S9. | Antibody, defined by crystal structure in Zhou2010, Fig. 4, Fig. S3, and Fig. S4 provide comparisons with other CD4bs Nabs. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Walker2011 Nature 21849977 |
93% of 162 isolates representing major HIV clades | 89% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Diskin2011 Science 22033520 |
|
Antibody, sequence and gp120-bound structures compared to NIH45-46, Figs. S1, S2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Falkowska2011 J Virol 22345481 |
|
Env, Alanine scanning neutralization impact, Table 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| McLellan2011 Nature 22113616 |
89% of 178 isolates representing major HIV-1 clades | |
Env, Alanine scanning neutralization impact, Table 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Huang2012a Nature |
89% of 180 isolates representing major HIV-1 clades at IC50<50 μg/ml, and 75% at IC50 < 1 μg/ml. | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VRC02 | CD4bs | Wu2010 Science 20616233 |
YES | 91% of 190 isolates, representing major HIV-1 clades | 88% of 190 isolates, representing major HIV-1 clades, with IC80 | GI:294875840 -- heavy chain variable region GI:294875850 -- light chain variable region |
V: IGHV1-02*02 D: IGHD3-16*01 (or *02) J: IGHJ1*01 or IGHJ2*01 |
V: IGKV3-11*01 J: IGKJ2*01 |
Fig. S5 | Bound strongly to RSC3 and gp120 and weakly to ΔRSC3, Fig. 2 and S4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VRC03 | CD4bs | Wu2010 Science 20616233 |
YES | 57% of 190 isolates, representing major HIV-1 clades | 48% of 190 isolates, representing major HIV-1 clades, with IC80 | GI:294875842 -- heavy chain variable region GI:294875853 -- light chain variable region |
V: IGHV1-02*02 D: IGHD3 family J: IGHJ1*01 |
V: IGKV3-20*01 J: IGKJ2*01 |
Fig. S5 | Bound strongly to RSC3 and weakly to ΔRSC3, affinity to gp120 was 10-fold lower than that of VRC01 and VRC02, Fig. 2 and S4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wu2011 Science 21835983 |
3SE8 | |
Antibody, defined by crystal structure, compared to key residues of other CD4bs antibodies, Fig. S4. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VRC-PG04 or PGV04 | CD4bs | Wu2011 Science 21835983 |
YES | 76% of 178 isolates, representing major HIV-1 clades | 74% of 178 isolates, representing major HIV-1 clades, with IC80 | 3SE9 | GI:343794446 -- heavy chain variable region GI:343794450 -- light chain variable region |
V: IGHV1-02*02 D: IGHD5-12*01 J: IGHJ2*01 |
V: IGKV3-20*01 J: IGKJ5*01 |
Phylogenic analysis, Figs. 5, 6, Fig. S12 | Antibody, defined by crystal structure, compared to key residues of other CD4bs antibodies, Fig. S4. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Falkowska2011 J Virol 22345481 |
88% of 162 isolates representing major HIV clades | |
Env: defined by crystal structure and Alanine scanning, Table 3 (neutralization impact) and Table 4 (binding affinity), Structure mapping of alanine substitutions, Fig. 5. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Walker2011 Nature 21849977 |
88% of 162 isolates representing major HIV clades | 77% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VRC-PG04b | CD4bs | Wu2011 Science 21835983 |
YES | 71% of 178 isolates, representing major HIV-1 clades | 64% of 178 isolates, representing major HIV-1 clades, with IC80 | GI:343794448 -- heavy chain variable region GI:343794452 -- light chain variable region |
V: IGHV1-02*02 D: IGHD5-12*01 J: IGHJ2*01 |
V: IGKV3-20*01 J: IGKJ5*01 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VRC-CH31 | CD4bs | Wu2011 Science 21835983 |
YES | 83% of 80 isolates, representing major HIV-1 clades, and 85% of 20 clade A, B and C Env-pseudoviruses | 80% of 80 isolates, representing major HIV-1 clades, and 85% of 20 clade A, B and C Env-pseudoviruses, with IC80 | GI:343794388 -- heavy chain variable region GI:343794394 -- light chain variable region |
V: IGHV1-02*02 D: IGHD3-16*01 J: IGHJ4*02 |
V: IGKV1-33*01 J: IGKJ2*01 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wu2011 J Virol 22301150 |
84% of 96 isolates from major clades | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VRC-CH30 | CD4bs | Wu2011 Science 21835983 |
YES | 85% of 20 clade A, B and C Env-pseudoviruses | 80% of 20 clade A, B and C Env-pseudoviruses, with IC80 | GI:343794386 -- heavy chain variable region GI:343794392 -- light chain variable region |
V: IGHV1-02*02 D: IGHD3-16*01 J: IGHJ4*02 |
V: IGKV1-33*01 J: IGKJ2*01 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VRC-CH32 | CD4bs | Wu2011 Science 21835983 |
YES | 80% of 20 clade A, B and C Env-pseudoviruses | 75% of 20 clade A, B and C Env-pseudoviruses, with IC80 | GI:343794390 -- heavy chain variable region GI:343794396 -- light chain variable region |
V: IGHV1-02*02 D: IGHD3-16*01 J: IGHJ4*02 |
V: IGKV1-33*01 J: IGKJ2*01 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VRC-CH33 | CD4bs | Wu2011 Science 21835983 |
YES | 90% of 20 clade A, B and C Env-pseudoviruses | 80% of 20 clade A, B and C Env-pseudoviruses, with IC80 | GI:343794462 -- heavy chain variable region GI:343794458 -- light chain variable region |
V: IGHV1-02*02 D: IGHD3-16*01 J: IGHJ4*02 |
V: IGKV1-33*01 J: IGKJ2*01 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VRC-CH34 | CD4bs | Wu2011 Science 21835983 |
YES | 80% of 20 clade A, B and C Env-pseudoviruses | 75% of 20 clade A, B and C Env-pseudoviruses, with IC80 | GI:343794464 -- heavy chain variable region GI:343794460 -- light chain variable region |
V: IGHV1-02*02 D: IGHD3-16*01 J: IGHJ4*02 |
V: IGKV1-33*01 J: IGKJ2*01 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IgG1b12 or b12 | CD4bs | Wu2010 Science 20616233 |
41% of 190 isolates, representing major HIV-1 clades | 25% of 190 isolates, representing major HIV-1 clades, with IC80 | |
V: IGHV1-03*01 D: IGHD3-10*02 J: IGHJ6*03 |
V: IGKV3-20*01 J: IGKJ2*01 |
Figs. 2 and S4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Barbas1993 J Mol Biol 8478936 |
sequences in the paper |
V: IGHV1-3*01 D: IGHD2-21 J: IGHJ6 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Burton1991 PNAS 1719545 |
YES | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Zhou2007 Nature 17301785 |
2NY7 | |
Antibody, Alanine scanning affinity impact, Table S6. Crystal structure contacts, Fig. S3. Env, Alanine scanning affinity impact, Table S7. Crystal structure contacts, Fig. S4. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binley2004 J Virol 15542675 |
50% of 90 isolates representing major HIV-1 clades | 34% of 90 isolates representing major HIV-1 clades, with IC90 | |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Walker2009 Science 19729618 |
35% of 162 isolates representing major HIV-1 clades | 19% of 162 isolates representing major HIV-1 clades, with IC90 | |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Corti2010 PLOS ONE 20098712 |
47% of 92 isolates representing major HIV-1 clades | |
Fig. 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Falkowska2011 J Virol 22345481 |
|
Env, Alanine scanning neutralization impact, Table 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Walker2011 Nature 21849977 |
34% of 162 isolates representing major HIV clades | 19% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | |
Fig. S4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Burton1994 Science 7973652 |
7/10 US isolates completely neutralized and all 10 were 50% neutralized; 10/14 additional isolates 50% neutralized. | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bonsignori2011 J Virol 21795340 |
|
Table 2, Fig. S5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 2F5 | gp41 adjacent to cluster II, C-term, gp41 MPER | Buchacher1994 AIDSR Res Hum Retroviruses 7520721 |
YES | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bryson2009 J Virol 19740978 |
22 structures | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Julien2008 J Mol Biol 18824005 |
8 structures | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| delaArada2009 J Phys Chem 19754136 |
2 structures | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ofek2010 PNAS 20876137 |
3LEV | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Kunert1998 AIDS Res Hum Retroviruses 9737583 |
sequences in the paper |
V: IGHV2 J: IGHJ6 |
V: IGKV1 J: IGKJ4 |
Tables 2, 3, 4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Corti2010 PLOS ONE 20098712 |
39% of 92 isolates representing major HIV-1 clades | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Walker2009 Science 19729618 |
60% of 162 isolates representing major HIV-1 clades | 33% of 162 isolates representing major HIV-1 clades, with IC90 | |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binley2004 J Virol 15542675 |
67% of 90 isolates representing major HIV-1 clades | 43% of 90 isolates representing major HIV-1 clades, with IC90 | |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| McLellan2011 Nature 22113616 |
57% of 178 isolates representing major HIV-1 clades | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Huang2012a Nature |
57% of 180 isolates representing major HIV-1 clades at IC50<50 μg/ml, and 16% at IC50 < 1 μg/ml. | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 2G12 | gp120 carbohydrates at glycosylation residues in C2, C3, C4, and V4 | Buchacher1994 AIDSR Res Hum Retroviruses 7520721 |
YES | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Menendez2008 FASEB J 18198210 |
3MUH | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Doores2010 J Virol 20702629 |
3OAU | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Calarese2003 Science 12829775 |
3 structures | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Calarese2005 PNAS 16174734 |
4 structures | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Corti2010 PLOS ONE 20098712 |
28% of 92 isolates representing major HIV-1 clades | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Kunert1998 AIDS Res Hum Retroviruses 9737583 |
sequences in the paper |
V: IGHV3 J: IGHJ3 |
V: IGKV1 J: IGKJ2 |
Tables 2, 3, 4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Walker2009 Science 19729618 |
32% of 162 isolates representing major HIV-1 clades | 15% of 162 isolates representing major HIV-1 clades, with IC90 | |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wu2011 Science 21835983 |
|
V: IGHV3-21*01/2/3/4 | V: IGKV1-5*03 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Falkowska2011 J Virol 22345481 |
|
Env, Alanine scanning binding affinity impact, Table 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binley2004 J Virol 15542675 |
41% of 90 isolates representing major HIV-1 clades | 21% of 90 isolates representing major HIV-1 clades, with IC90 | |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Walker2011 Nature 21849977 |
32% of 162 isolates representing major HIV clades | 15% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | |
Figs. S4, S5, S6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| McLellan2011 Nature 22113616 |
27% of 178 isolates representing major HIV-1 clades | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4E10 | C-term, gp41 MPER | Buchacher1994 AIDSR Res Hum Retroviruses 7520721 |
YES | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cardoso2005 Immunity 15723805 |
4 structures | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cardoso2007 17125793 |
3 structures | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Correia2009 Structure 20826338 |
6 structures | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Kunert2004 AIDS Res Hum Retroviruses 15307922 |
sequences in the paper, Fig. 1 |
V: IGVH1-69 D: IGHD3-16 J: IGHJ1 |
Fig. 1, Table 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Corti2010 PLOS ONE 20098712 |
98% of 92 isolates representing major HIV-1 clades | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Walker2009 Science 19729618 |
98% of 162 isolates representing major HIV-1 clades | 36% of 162 isolates representing major HIV-1 clades, with IC90 | |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binley2004 J Virol 15542675 |
100% of 90 isolates representing major HIV-1 clades | 56% of 90 isolates representing major HIV-1 clades, with IC90 | |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Walker2011 Nature 21849977 |
96% of 162 isolates representing major HIV clades | 34% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Huang2012a Nature |
98% of 180 isolates representing major HIV-1 clades at IC50<50 μg/ml, and 37% at IC50 < 1 μg/ml. | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 10E8 | C-term, gp41 MPER | Huang2012a Nature |
YES | 98% of 180 isolates representing major HIV-1 clades at IC50<50 μg/ml, and 72% at IC50 < 1 μg/ml. | 4G6F | GI:JX645769.1 -- heavy chain variable region GI:JX645770.1 -- light chain variable region |
V: IGHV3-15*05 D: IGHD3-3*01 J: IGHJ1*01 |
V: IGLV3-19*01 J: IGLJ3*02 |
Figure S1. | Figures S3, S4, S6, Table S15 | Env alanine scanning, Figures 2, S8, Table S2, S3. Env contact residues, Fab 10E8 structure with its MPER epitope, Figure 4. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PG9 | V2-V3 loops, quaternary structure | Walker2009 Science 19729618 |
YES | 79% of 162 isolates representing major HIV-1 clades | 51% of 162 isolates representing major HIV-1 clades, with IC90 | GI:281185524 -- heavy chain variable region GI:281185534 -- light chain variable region |
V: IGVH3-33*05 | V: IGVL2-14*01 | Table S2. | Figs. 1, S4, S7, S8, S10. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pejchal2010 PNAS 20534513 |
3MUH | |
Fig. 3. | Antibody contact residues, predicted from homology modeling, Fig. S2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| McLellan2011 Nature 22113616 |
78% of 178 isolates representing major HIV-1 clades | 3U4E, 3U36, 3U2S | |
Figs. S4, S15 | Ab contact residues, Table S12 and S13. End alanine scanning neutralization impact, Table S14. Env contact residues, V1V2 scaffold crystal structure, Fig. 2, Table S9, Table S10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Walker2011 Nature 21849977 |
77% of 162 isolates representing major HIV clades | 46% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | |
Figs. S4, S5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bonsignori2011 J Virol 21795340 |
|
Figs. 3, S5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Davenport2011 J Virol 21543501 |
|
Figs. 1, 3, 5, Table 1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Huang2012a Nature |
78% of 180 isolates representing major HIV-1 clades at IC50<50 μg/ml, and 65% at IC50 < 1 μg/ml. | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PG16 | V2-V3 loops, quaternary structure | Walker2009 Science 19729618 |
YES | 73% of 162 isolates representing major HIV-1 clades | 35% of 162 isolates representing major HIV-1 clades, with IC90 | GI:281185522 -- heavy chain variable region GI:281185532 -- light chain variable region |
V: IGVH3-33*05 | V: IGVL2-14*01 | Table S2. | Figs. 1, S4, S7, S8, S10. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| McLellan2011 Nature 22113616 |
74% of 178 isolates representing major HIV-1 clades | |
Fig. S15 | Ab contact residues, Table S12 and S13. Model based on PG9. PG16 paratope by arginine-scanning mutagenesis, Fig. S14. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pejchal2010 PNAS 20534513 |
3MUG | |
Fig. 3 | Antibody, impact of amino acid substitutions on neutralization and binding, Table 2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pancera2010 J Virol 20538861 |
3MME, 3LRS | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bonsignori2011 J Virol 21795340 |
|
Figs. 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Davenport2011 J Virol 21543501 |
|
Figs. 1, 3, 5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Huang2012a Nature |
73% of 180 isolates representing major HIV-1 clades at IC50<50 μg/ml, and 59% at IC50 < 1 μg/ml. | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HJ16 | CD4bs | Corti2010 PLOS ONE 20098712 |
YES | 36% of 92 isolates representing major HIV-1 clades | |
Fig. 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wu2011 Science 21835983 |
|
V: IGHV3-30*18 | V: IGKV4-1*01 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3BNC117 | CD4bs | Scheid2011 Science 21764753 |
YES | 100% of 118 isolates representing major HIV-1 clades, and 1/5 VRC01-resistant isolates. | 95% of 118 isolates representing major HIV-1 clades | GI:346983261 -- heavy chain variable region GI:346983263 -- light chain variable region |
V: IGVH1-2 D: IGHD6-25/2-8 J: IGHJ2/6 |
V: IGKV1D-33 J: IGKJ3 |
Sequences, Figs. 4, S13; Phylogenetic analysis Fig. S12. | High affinity binder, Figs. 3, S10, Table S9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Huang2012a Nature |
84% of 180 isolates representing major HIV-1 clades at IC50<50 μg/ml, and 77% at IC50 < 1 μg/ml. | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3BNC55 | Scheid2011 Science 21764753 |
YES | 81% of 118 isolates representing major HIV-1 clades, and 2/5 VRC01-resistant isolates. | 76% of 118 isolates representing major HIV-1 clades | |
V: IGVH1-2 D: IGHD3-3/6-19/5-12 J: IGHJ2/6 |
V: IGKV1D-33 J: IGKJ1/3 |
Phylogenetic analysis Fig. S12. | Lower affinity to YU2-gp140 trimer than 3BNC117, Fig. S10, Table S9. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NIH45-46 | CD4bs | Scheid2011 Science 21764753 |
YES | 100% of 118 isolates representing major HIV-1 clades | 100% of 118 isolates representing major HIV-1 clades | GI:346983273 -- heavy chain variable region GI:346983275 -- light chain variable region |
V: IGVH1-2 | V: IgVK3-11 | Sequences, Figs. 4, S13; Phylogenetic analysis Fig. S12. | Fig. 3, Table S9. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Diskin2011 Science 22033520 |
NIH45-46_G54W was significantly more potent than NIH45-46, based on a panel of 82 isolates from all clades, both with IC50 and IC80 | 3U7Y, PDB 3U7W | |
Fig. S7 | Antibody, crystal structure contact and key residues, Figs. 1, 2. Sequence and gp120-bound structures compared to VRC01, Figs. S1, S2. Impact of amino acid substitutions on neutralization, Table S2. Env, impact of amino acid substitutions on neutralization, Table S7. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Huang2012a Nature |
85% of 180 isolates representing major HIV-1 clades at IC50<50 μg/ml, and 76% at IC50 < 1 μg/ml. | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 12A12 | CD4bs | Scheid2011 Science 21764753 |
YES | 100% of 118 isolates representing major HIV-1 clades, and 1/5 VRC01-resistant isolates. | 95% of 118 isolates representing major HIV-1 clades | GI:346983273 -- heavy chain variable region GI:346983275 -- light chain variable region |
V: IGVH1-2 D: IGHD1-26/3-10 J: IGHJ4/5 |
V: IGKV1D-33 J: IGKJ3 |
Sequences, Figs. 4, S13; Phylogenetic analysis Fig. S12. | Fig. 3, Table S9. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8ANC195 | Scheid2011 Science 21764753 |
YES | 57% of 118 isolates representing major HIV-1 clades, and 2/5 VRC01-resistant isolates. | 57% of 118 isolates representing major HIV-1 clades | GI:346983293 -- heavy chain variable region GI:346983295 -- light chain variable region |
V: IGVH1-69 D: IGHD3-3 |
V: IGKV1D-33 J: IGKJ3 |
Sequences, Fig. 4; Phylogenetic analysis Fig. S12. | Table S9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3BNC60 | CD4bs | Scheid2011 Science 21764753 |
YES | 15/15 isolates and 1/5 VRC01-resistant isolates. | 3RPI | GI:346983257 -- heavy chain variable region GI:346983259 -- light chain variable region |
V: IGVH1-2 D: IGHD6-25/3-3 J: IGHJ2/6 |
V: IGKV1-5 J: IG1/5 |
Sequences, Figs. 4, S13; Phylogenetic analysis Fig. S12. | High affinity binder, Figs. 3, S10, Table S9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3BNC62 | Scheid2011 Science 21764753 |
YES | 11/15 isolates at concentration < 15 μg/ml | |
V: IGVH1-2 D: IGHD6-25/6-13/6-6 J: IGHJ2/6 |
V: IGKV1D-33 J: IGKJ3 |
Phylogenetic analysis Fig. S12. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 12A21 | CD4bs | Scheid2011 Science 21764753 |
YES | 13/15 isolates and 1/5 VRC01-resistant isolates. | GI:346983269 -- heavy chain variable region GI:346983271 -- light chain variable region |
V: IGVH1-2 D: IGHD5-12/3-10 J: IGHJ4/5 |
V: IGKV1D-33 J: IGKJ3 |
Sequences, Figs. 4, S13; Phylogenetic analysis Fig. S12. | Fig. 3, Table S9. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PGT121 | V3 loop | Walker2011 Nature 21849977 |
YES | 70% of 162 isolates representing major HIV clades | 55% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | GI:344323216 -- heavy chain variable region GI:344323250 -- light chain variable region |
V: IGHV4-59*01 J: IGHJ6*03 |
V: IGLV3-21*02 J: IGLJ3*02 |
Bound to monomeric gp120, Table S5, Fig. S6 | Env, Alanine scanning neutralization impact, Table S6. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PGT122 | V3 loop | Walker2011 Nature 21849977 |
YES | 65% of 162 isolates representing major HIV clades | 54% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | GI:344323218 -- heavy chain variable region GI:344323252 -- light chain variable region |
V: IGHV4-59*01 J: IGHJ6*03 |
V: IGLV3-21*02 J: IGLJ3*02 |
Bound to monomeric gp120, Table S5, Fig. S6 | Env, Alanine scanning neutralization impact, Table S6. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PGT123 | V3 loop | Walker2011 Nature 21849977 |
YES | 67% of 162 isolates representing major HIV clades | 52% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | GI:344323220 -- heavy chain variable region GI:344323254 -- light chain variable region |
V: IGHV4-59*01 J: IGHJ6*03 |
V: IGLV3-21*02 J: IGLJ3*02 |
Bound to monomeric gp120, Table S5, Fig. S6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PGT125 | V3 loop | Walker2011 Nature 21849977 |
YES | 52% of 162 isolates representing major HIV clades | 37% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | GI:344323256 -- light chain variable region |
V: IGHV4-39*07 J: IGHJ5*02 |
V: IGLV2-8*01 J: IGLJ2*01 or IGLJ3*01 |
Bound to monomeric gp120, Table S5, Fig. S6 | Env, Alanine scanning neutralization impact, Table S6. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PGT126 | V3 loop | Walker2011 Nature 21849977 |
YES | 60% of 162 isolates representing major HIV clades | 45% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | GI:344323258 -- light chain variable region |
V: IGHV4-39*07 J: IGHJ5*02 |
V: IGLV2-8*01 J: IGLJ2*01 or IGLJ3*01 |
Bound to monomeric gp120, Table S5, Fig. S6 | Env, Alanine scanning neutralization impact, Table S6. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PGT127 | V3 loop | Walker2011 Nature 21849977 |
YES | 50% of 162 isolates representing major HIV clades | 36% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | GI:344323226 -- heavy chain variable region GI:344323260 -- light chain variable region |
V: IGHV4-39*07 J: IGHJ5*02 |
V: IGLV2-8*01 J: IGLJ2*01 or IGLJ3*01 |
Bound to monomeric gp120, Table S5, Fig. S6 | Env, Alanine scanning neutralization impact, Table S6. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pejchal2011 Science 21998254 |
3TWC | |
Figs. 3, 5, S14 | Antibody, crystal structure: Fig. S1, Table S2. Env, amino acid substututions neutralization impact, Fig. S10. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PGT128 | V3 loop | Walker2011 Nature 21849977 |
YES | 72% of 162 isolates representing major HIV clades | 57% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | GI:344323228 -- heavy chain variable region GI:344323262 -- light chain variable region |
V: IGHV4-39*07 J: IGHJ5*02 |
V: IGLV2-8*01 J: IGLJ2*01 or IGLJ3*01 |
Bound to monomeric gp120, Table S5, Fig. S6 | Env, Alanine scanning neutralization impact, Table S6. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pejchal2011 Science 21998254 |
3TYG, 3TV3 | |
Figs. 3, 5, S14 | Antibody, crystal structure, Fig. 1, 2, Tables S2-S4. Env, amino acid substututions neutralization impact, Fig. S10. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PGT130 | V3 loop | Walker2011 Nature 21849977 |
YES | 52% of 162 isolates representing major HIV clades | 28% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | GI:344323230 -- heavy chain variable region GI:344323264 -- light chain variable region |
V: IGHV4-39*07 J: IGHJ5*02 |
V: IGLV2-8*01 J: IGLJ2*01 or IGLJ3*01 |
Bound to monomeric gp120, Table S5, Fig. S6 | Env, Alanine scanning neutralization impact, Table S6. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PGT131 | V3 loop | Walker2011 Nature 21849977 |
YES | 40% of 162 isolates representing major HIV clades | 19% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | GI:344323232 -- heavy chain variable region GI:344323266 -- light chain variable region |
V: IGHV4-39*07 J: IGHJ5*02 |
V: IGLV2-8*01 J: IGLJ2*01 or IGLJ3*01 |
Bound to monomeric gp120, Table S5, Fig. S6 | Env, Alanine scanning neutralization impact, Table S6. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PGT135 | V3 loop | Walker2011 Nature 21849977 |
YES | 33% of 162 isolates representing major HIV clades | 17% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | GI:344323234 -- heavy chain variable region GI:344323268 -- light chain variable region |
V: IGHV4-39*07 J: IGHJ5*02 |
V: IGKV3-15*01 J: IGLJ1*01 |
Bound to monomeric gp120, Table S5, Fig. S6 | Env, Alanine scanning neutralization impact, Table S6. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PGT141 | V2-V3 loops, quaternary structure | Walker2011 Nature 21849977 |
YES | 56% of 162 isolates representing major HIV clades | 35% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | GI:344323240 -- heavy chain variable region GI:344323274 -- light chain variable region |
V: IGHV1-8*01 J: IGHJ6*02 |
V: IGKV2-28*01 or IGKV2D-28*01 J: IGKJ1*01 |
Strong preference for membrane-bound, trimeric HIV - quaternary epitope, Table S5, Figs. S4, S5 | Env, amino acid substututions binding impact, Fig. S5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PGT142 | V2-V3 loops, quaternary structure | Walker2011 Nature 21849977 |
YES | 57% of 162 isolates representing major HIV clades | 40% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | GI:344323242 -- heavy chain variable region GI:344323276 -- light chain variable region |
V: IGHV1-8*01 J: IGHJ6*02 |
V: IGKV2-28*01 or IGKV2D-28*01 J: IGKJ1*01 |
Strong preference for membrane-bound, trimeric HIV - quaternary epitope, Table S5, Figs. S4, S5 | Env, amino acid substututions binding impact, Fig. S5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PGT143 | V2-V3 loops, quaternary structure | Walker2011 Nature 21849977 |
YES | 56% of 162 isolates representing major HIV clades | 33% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | GI:344323244 -- heavy chain variable region GI:344323278 -- light chain variable region |
V: IGHV1-8*01 J: IGHJ6*02 |
V: IGKV2-28*01 or IGKV2D-28*01 J: IGKJ1*01 |
Strong preference for membrane-bound, trimeric HIV - quaternary epitope, Table S5, Figs. S4, S5 | Env, amino acid substututions binding impact, Fig. S5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PGT144 | V2-V3 loops, quaternary structure | Walker2011 Nature 21849977 |
YES | 38% of 162 isolates representing major HIV clades | 14% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | GI:344323246 -- heavy chain variable region GI:344323280 -- light chain variable region |
V: IGHV1-8*01 J: IGHJ6*02 |
V: IGKV2-28*01 or IGKV2D-28*01 J: IGKJ1*01 |
Strong preference for membrane-bound, trimeric HIV - quaternary epitope, Table S5, Figs. S4, S5 | Env, amino acid substututions binding impact, Fig. S5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PGT145 | V2-V3 loops, quaternary structure | Walker2011 Nature 21849977 |
YES | 78% of 162 isolates representing major HIV clades | 53% of 162 isolates representing major HIV clades, with IC90 | GI:344323248 -- heavy chain variable region GI:344323282 -- light chain variable region |
V: IGHV1-8*01 J: IGHJ6*02 |
V: IGKV2-28*01 or IGKV2D-28*01 J: IGKJ1*01 |
Strong preference for membrane-bound, trimeric HIV - quaternary epitope, Table S5, Figs. S4, S5 | Env, amino acid substututions binding impact, Fig. S5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| McLellan2011 Nature 22113616 |
3U1S | |
Antibody, unbound structure, Fig. S18. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CH01 | V1-V2, V2-V3, quaternary structure | Bonsignori2011 J Virol 21795340 |
YES | 46% of 91 isolates from major clades | GA: JQ267523 -- heavy chain variable region GA:JQ267519 -- light chain variable region |
V: IGHV3-20 D: IGHD3-10 J: IGHJ2 |
V: IGKV3-20 J: IGKJ1 |
Sequence, Fig. S2; Phylogenetic analysis Fig. S3. | Table 2, Figs. 3, S5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bonsignori2012 J Virol 22301150 |
45% of 96 isolates from major clades | |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CH02 | V1-V2, V2-V3, quaternary structure | Bonsignori2011 J Virol 21795340 |
YES | 36% of 91 isolates from major clades | GA: JQ267524 -- heavy chain variable region GA: JQ267520 -- light chain variable region |
V: IGHV3-20 D: IGHD3-10 J: IGHJ2 |
V: IGKV3-20 J: IGKJ1 |
Sequence, Fig. S2; Phylogenetic analysis Fig. S3. | Table 2, Figs. 3, S5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CH03 | V1-V2, V2-V3, quaternary structure | Bonsignori2011 J Virol 21795340 |
YES | 45% of 91 isolates from major clades | GA: JQ267525 -- heavy chain variable region GA: JQ267521 -- light chain variable region |
V: IGHV3-20 D: IGHD3-10 J: IGHJ2 |
V: IGKV3-20 J: IGKJ1 |
Sequence, Fig. S2; Phylogenetic analysis Fig. S3. | Table 2, Figs. 3, S5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CH04 | V1-V2, V2-V3, quaternary structure | Bonsignori2011 J Virol 21795340 |
YES | 45% of 91 isolates from major clades | GA: JQ267526 -- heavy chain variable region GA: JQ267522 -- light chain variable region |
V: IGHV3-20 D: IGHD3-10 J: IGHJ2 |
V: IGKV3-20 J: IGKJ1 |
Sequence, Fig. S2; Phylogenetic analysis Fig. S3. | Table 2, Figs. 3, S5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| McLellan2011 Nature 22113616 |
3TCL, 3U4B, 3U46 | |
Antibody, unbound structures, Fig. S17. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||