La NSPA a pour mission d'assurer des services de soutien logistique, qui soient à la fois adaptés, efficaces et d'un bon rapport coût-efficacité, s'agissant des systèmes et des opérations. Ce soutien est fourni – en temps de paix, de crise ou de guerre et en fonction des besoins – aux pays membres de l'Alliance, aux autorités militaires de l'OTAN et aux pays partenaires, à titre individuel ou collectif. Conformément aux directives données par le Conseil de l'Atlantique Nord, l'objectif de ce soutien est de maximiser l'aptitude et l'adaptabilité des forces armées, des contingents et autres organisations concernées à exécuter leur mission principale.
La NSPA est organisée en trois segments métiers : le programme OTAN de gestion du transport aérien (NAM), le programme OTAN du réseau d'oléoducs en Centre-Europe (CEPS) et les Opérations logistiques.
Le programme OTAN de gestion du transport aérien porte sur l'acquisition, la gestion et le maintien en condition opérationnelle de moyens de transport aérien auxquels les pays peuvent faire appel pour remplir leurs engagements nationaux et à l'égard de l'OTAN, de l'Union européenne et de l'Organisation des Nations Unies. Il offre des services financiers, logistiques et administratifs à l'appui de l'escadre de transport lourd (HAW), unité militaire multinationale implantée en Hongrie et responsable de l'exploitation des appareils du programme de gestion du transport aérien utilisés pour répondre aux obligations des pays participants définies selon une formule préalablement agréée d'attribution des heures de vol.
Les pays membres du programme NAM sont la Bulgarie, l'Estonie, la Finlande, la Hongrie, la Lituanie, les Pays-Bas, la Norvège, la Pologne, la Roumanie, la Slovénie, la Suède et les États-Unis. Le comité du programme, qui agit dans l'intérêt collectif de tous ses pays membres, est l'organe directeur chargé de l'exécution du programme.
Le programme OTAN du réseau d'oléoducs en Centre-Europe est le cadre qui permet de gérer l'exploitation, le financement et la maintenance d'un réseau intégré transfrontière d'oléoducs et de dépôts de carburant à l'appui des besoins militaires opérationnels de l’OTAN, y compris pour les opérations expéditionnaires. Le Bureau de programme CEPS, situé en France, assure la coordination et la conception des plans de trafic transfrontières ainsi que la gestion du contrôle de qualité des produits. Il est responsable du contrôle opérationnel, technique et financier, et de la coordination du développement des activités. Opérationnel 24 heures sur 24, 7 jours sur 7, le Bureau sert d'interface entre les fournisseurs et les organisations nationales, les autorités de l'OTAN et les clients non militaires.
Les pays membres du programme CEPS sont la Belgique, la France, l'Allemagne, le Luxembourg, les Pays-Bas et les États-Unis. Le comité du programme, qui agit dans l'intérêt collectif de tous ses pays membres, est l'organe directeur chargé de l'exécution du programme.
Le segment Opérations logistiques regroupe un ensemble diversifié de capacités de soutien de systèmes d'arme et d'équipement, dont certaines sont très spécialisées. Ces capacités sont mises à disposition selon des cadres juridiques multinationaux ainsi qu'en vertu d'arrangements bilatéraux et multinationaux qui permettent le regroupement et la centralisation des fonctions de gestion logistique à l'échelle de l'OTAN. Toutes ces capacités peuvent être mobilisées à l'appui de l'OTAN et de ses pays membres pendant des exercices et des déploiements dans le cadre d'opérations entérinées par le Conseil de l'Atlantique Nord.
La majeure partie du soutien logistique est confié à des entreprises extérieures, sélectionnées sur la base d'appels d'offres internationaux. Ce segment dispose également d'une capacité interne de soutien et génie technique maîtrisant un certain nombre de technologies spécifiques comme l'optoélectronique et l'étalonnage.
Le segment Opérations logistiques gère un centre d'exploitation Sud (SOC) en Italie. Un certain nombre d'agents de ce centre sont déployés dans le cadre d'opérations ou détachés auprès des commandements de l'OTAN pour assurer un soutien de contact.