Jeudi 18 juin 2009
Je ne pouvais pas passer à côté d'un des sujets de philosophie du Bac, le traditionnel sujet pour impliquer les scientifiques:

" Y a-t-il des questions auxquelles aucune science ne répond? "

Avant de livrer le mien, votre avis m'intéresse, autant pour tenter de répondre à cette question-ci que pour en marquer les limites: qu'est-ce qu'une science? est-ce une question intéressante?


Par Benjamin - Publié dans : Bacterioquizz-concours
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Samedi 6 juin 2009
Vous avez certainement remarqué qu'au lycée les filles semblent préférer les filières littéraires aux filières scientifiques. Pourquoi? Les bougresses seraient-elles en moyenne moins bonnes en maths que les garçons? Après le lycée, le biais subsiste dans les filières où la sélection porte sur les mathématiques, comme par exemple les écoles d'ingénieurs. Y aurait-il moins de filles parmi les "bons en maths"? Progressons encore dans l'élite mathématique, et considérons les prix majeurs décernés aux mathématiciens (en l'absence d'un Nobel dédié): médaille Fields (depuis 1936), prix Abel (depuis 2003) ou Wolf (depuis 1978). J'ai épluché la liste des lauréats sur Wikipedia, et sauf erreur de ma part, on n'y trouve aucune femme! Alors, existe-t-il des femmes possédant un réel génie mathématique?
Voilà trois questions troublantes auxquelles deux scientifiques -femmes- se sont confrontées dans un article publié cette semaine dans PNAS, et je vous prie de lire leurs conclusions ci-après avant de lâcher les chien(nes de garde) à mes trousses.


Tout d'abord, un échantillon de femmes prises au hasard dans la population est-il meilleur en maths, moins bon, ou équivalent à un échantillon d'hommes pareillement choisis? Cette question permet de rester général, et de ne pas considérer le biais présent chez ceux qui ont choisi les mathématiques comme discipline de prédilection. Selon deux études publiées en 1966 et 1974 (et menées par une femme), les garçons seraient effectivement meilleurs en mathématiques que les filles, et cette différence apparaîtrait vers 12-13 ans. A ce stade, on serait bien mal avisé d'exclure formellement une cause biologique; coment être certain que le cerveau des filles n'est pas légèrement différent de celui des garçons, de même que beaucoup d'autres choses les distinguent? En 1990, une méta-analyse (une analyse d'analyses, si vous préférez) portant sur 100 articles antérieurs et 3 millions de personnes  concluait à l'absence globale de différence liée au sexe, mais avec des avantages nuancés selon l'âge et l'aptitude considérée: en particulier, les garçons prenaient l'avantage au lycée dans la catégorie de la résolution de problèmes, ce qui les avantagerait dans leurs études et leurs carrières. Les auteures ont repris une étude encore plus récente portant sur 7 millions d'écoliers, et qui ne détectait pas de différence significative entre filles et garçons. En moyenne, les filles ne sont donc pas plus nulles en maths que les garçons. Il est toutefois intéressant de relever que la différence a bien existé et qu'elle tend à s'estomper avec le temps, suggérant déjà une forte composante culturelle dans les performances en mathématiques. En effet, l'évolution biologique ne peut expliquer cette augmentation d'ensemble en une trentaine d'années.

Ce premier résultat est valable en moyenne, et le resterait si par exemple la variance de l'aptitude aux maths des garçons est plus élevée que celle des filles. Selon cette hypothèse d'une "plus grande variabilité mâle", il y aurait plus garçons doués en maths que de filles (mais aussi plus de garçons nuls), tandis que les filles seraient plus nombreuses autour de la moyenne. Les tests utilisés précédemment donnent également accès à la variance. Ils montrent que les garçons présentent effectivement une variance plus élevée que les filles, et qu'au delà des 95ème et 99ème percentiles, parmi les bons en maths, il y a plus de garçons...  mais pas dans tous les pays! Comme les petites bataves ne sont pas vraiment différentes des petites américaines d'un point de vue génétique, il faut conclure que l'origine de cette différence de variance est majoritairement socioculturelle, et non biologique.

Enfin, il existe bien sûr des femmes possédant un réel talent mathématique: thésardes, chercheuses, lauréates de prix, etc. (la partie la plus facile de l'analyse). Les résultats de cette étude (parmi bien d'autres du même acabit) sont donc sans appel: non, les filles ne sont pas fondamentalement plus nulles en maths que les garçons, c'est-à-dire qu'elle ne sont pas génétiquement programmées pour être profs de lettres. Cependant, il existe des différences bien réelles, ne serait-ce que dans l'orientation scolaire et professionnelle, et les meilleurs en maths sont souvent des garçons à cause de "l'effet variance". Pourquoi? Parce que l'environnement joue un grand rôle dans l'épanouissement d'un talent ou d'un goût pour les mathématiques, et que de ce point de vue il est plutôt défavorable aux filles: le stéréotype  (autoréalisateur) selon lequel les filles seraient plus aptes aux études littéraires et moins douées pour la logique ou le calcul est malheureusement trop répandu parmi les enseignants et les parents. Autre biais reconnu qui selon moi peut expliquer l'effet variance: on a toujours tendance à exiger plus d'un garçon, et à se contenter du résultat pour une fille.


Selon les auteures, les inégalités observées dans performance mathématique ne sont que le reflet de l'inégalité générale entre les sexes; les différences observées sont d'ailleurs positivement corrélées à un indice de "gender gap", ou à l'une de ses composantes, le taux d'emploi des femmes. En attendant que la société progresse vers plus d'égalité entre hommes et femmes, comment agir pour promouvoir les mathématiques auprès des jeunes filles? Voici une initiative amusante et assez directe: comment survivre aux maths au collège "sans devenir folle ni se casser un ongle"? Voir le livre ci-dessous, bien girly-teenager, et l'interview de l'auteure, actrice et matheuse, dans Wired!


Compris, les filles? L'algèbre linéaire c'est cool, l'analyse c'est fashion et les probas c'est glamour!
Par Benjamin - Publié dans : Science & Société
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Vendredi 29 mai 2009
J'ai déjà eu l'occasion de l'écrire ailleurs: je reconnais volontiers l'utilité et le caractère scientifique de l'expérimentation animale, mais je ne suis pas un fan absolu. Regardez l'illustration ci-dessous, tirée d'un article de 1976 sur lequel je suis tombé par hasard.

Il s'agit d'un dispositif expérimental pour réaliser des fractures du fémur identiques et standardisées chez le rat (j'en veux pour preuve que toutes ont été réalisées sur le fémur gauche). Cette vision m'a été particulièrement désagréable, tant le dispositif semble implacable et le résultat douloureux. Comble de la froideur impersonnelle, l'opération requiert l'action d'un expérimentateur, qui est ici représenté par une petite flèche! Pour vous rassurer, lachez que les rats étaient anesthésiés au moment de la "procédure" et n'ont pas souffert en vain: cette étude a démontré qu'un anti-inflammatoire utilisé après des opérations ou des traumas pouvait ralentir la guérison d'une fracture, ce qui explique le besoin d'un modèle standardisé.
Par Benjamin - Publié dans : Le monde de la recherche
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Vendredi 22 mai 2009
En cette année Darwin à plus d'un titre (allez sur le blog créé pour l'occasion!), nous aurons largement célébré la théorie de l'évolution par sélection naturelle, formulée dans l'Origine des Espèces. Qu'est-ce à dire? Les organismes vivants subissent des changement héréditaires (les mutations), dont certaines accroissent leurs chances de survivre et d'avoir une descendance dans un environnement donné, qui impose donc une sélection "naturelle". Les mutations favorables sont donc plus fréquentes dans la génération suivante, les caractères correspondants aussi, l'espèce évolue!

La condition de l'évolution, c'est donc la capacité à avoir plus de descendants que la moyenne. Ne peut-on pas imaginer un autre facteur que l'environnement qui pourrait influer sur ce résultat? Voyons voir: si vous voulez beaucoup de descendants, il est préférable de trouver un partenaire, et encore mieux, d'obtenir son accord pour vos grands projets (à défaut, munissez-vous d'un bon nettoyant pour jantes). C'est malheureusement le problème avec les Eucaryotes "supérieurs" dont nous faisons partie, il faut être deux pour procréer. Le partenaire a donc son mot à dire, surtout les femelles, puisqu'elles investissent beaucoup dans la reproduction; c'est la sélection sexuelle, qui sera traitée en détail dans un futur bilet (je crois).

Certaines voix s'élèvent pour que l'on rappelle que Charles Darwin a aussi théorisé la sélection sexuelle dans son deuxième ouvrage majeur, la Filiation de l'homme et la sélection liée au sexe. C'est par exemple le cas de David Hosken dans une lettre adressée au journal Nature le mois dernier: pour ce chercheur, la sélection sexuelle marque la différence de Darwin par rapport à Wallace, et permet d'expliquer bien des phénomènes qui semblent paradoxaux à la lumière de la sélection naturelle (les combats de mâles, les atours extravagants de certains oiseaux...). Soit. Cette lettre n'appelait pas vraiment de réponse, mais Christopher Upham Murray Smith a tout de même pris la plume à son tour pour objecter que c'est en partie à Erasme Darwin, grand-père de Charles, que l'on pourrait attribuer la (grand-)paternité de la sélection sexuelle!

Si vous avez lu ce billet sur les précurseurs de Darwin, vous savez que le médecin et poète avait formulé (en vers) quelque chose qui ressemblait à la théorie de l'évolution avant Lamarck. Voici la citation de l'aïeul dénichée par Smith dans le premier volume de Zoonomia (ou les lois de la vie organique) publié en 1794, et bien connu des historiens de l'évolution:

"The three great objects of desire, which have changed the forms of many animals by their exertions to gratify them, are those of lust, hunger, and security" [Ma traduction approximative : "Les trois grandes envies, qui ont changé les formes de bien des animaux par les efforts qu'ils ont faits pour les satisfaire, sont la luxure, la faim et la sécurité"]

La "faim" et la "sécurité" évoquent la lutte pour la survie, la sélection naturelle, tandis que la "luxure" introduit l'idée de sélection sexuelle chez ces petits fripons d'animaux! Plus loin, on lit aussi:

"The final cause of this contest amongst the males seems to be, that the strongest and most active animal should propagate the species, which should thence become improved" ["le résultat de cette compétition entre les mâles est que les plus forts et les plus actifs propagent l'espèce, qui s'en trouve donc améliorée"]

Nous y sommes! Les mâles sont en compétition pour la reproduction, qui est donc un processus sélectif, et cette sélection change l'espèce au fil des générations! Ceci étant établi, il peut être intéressant de chercher ce qui manque dans le discours d'Erasme. Tout d'abord, il suppose que l'espèce s'améliore, ce qui n'est pas nécessaire en évolution. Faut-il lui en tenir rigueur alors que cette conception est encore trop répandue deux siècles plus tard? Plus important peut-être, il ne conçoit pas la sélection sexuelle comme une force indépendante de la sélection naturelle: pour lui, elle sélectionne toujours les "forts" et les "actifs", alors que son intérêt est au contraire d'expliquer pourquoi certains caractères neutres ou même désavantageux au premier abord peuvent être sélectionnés.


PS: billet récent à relier au thème de la sélection sexuelle : la guerre des sexes chez Lydie (pas vraiment chez elle, mais sur son blog, vous m'aurez compris)

PPS: je m'essaie à Twitter pour les petites réflexions en passant et tout ce qui me passe par la tête, c'est ici.
Par Benjamin - Publié dans : Evolution
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Mardi 19 mai 2009
Comme les affaires (bloguesques) reprennent, je vais peut-être pouvoir partager avec vous quelques histoires que j'ai relevées ces derniers temps. Ne vous étonnez pas si elles paraissent plus brèves que d'habitude*!

Ma première histoire, que vous connaissez probablement, se déroule à Saint-Cloud. Il se trouve que l'opérateur de téléphonie mobile Orange avait récemment installé des des antennes-relais dans cette riante commune de l'Ouest Parisien. Malheureusement, des Clodoaldiens (car c'est ainsi qu'on les nomme) ont rapidement éprouvé des problèmes de santé : troubles du sommeil, saignements de nez... Tout naturellement, ils ont porté plainte contre Orange pour ces nuisances manifestement dues aux antennes... qui, d'après Orange, n'avaient jamais fonctionné.

J'aurais donné cher pour voir la tête des riverains. Les ondes qui les rendaient malades étaient donc dans leurs têtes, influençant leur corps, d'où mon titre. Mais il reste que leurs symptômes étaient bien réels, et une pure coïncidence paraît aussi improbable qu'un fonctionnement des antennes en l'absence d'alimentation. L'un des résidents avait-il réglé son wi-fi un peu fort avant l'entré en vigueur de la loi Hadopi? L'eau courante était-elle radioactive? L'explication porte un nom de restaurant d'entreprise, l'effet "nocebo", inverse de l'effet placebo mais reposant sur le même principe. Je sais, scientifiquement on n'est pas plus avancé qu'en invoquant la "trouille". On savait déjà la perception du risque peu rationnelle, en particulier lorsqu'un facteur n'est pas maîtrisé par l'individu (qui peut choisir de ne pas fumer, plus difficilement d'habiter  plus de km d'une centrale nucléaire), mais là, on franchit un palier: la perception d'un risque réalise les craintes!

Pour ma part, j'aime bien cette petite affaire. D'abord, elle illustre l'importance de la psychologie dans le domaine de la santé. Ensuite, elle pose des questions rigolotes en termes de gouvernance: cette affaire décrédibilise-t-elle les lobbies anti-ondes? Faut-il invalider les décisions de justice déjà rendues qui ont abouti à des retraits d'antennes? En viendra-t-on à prescrire des placebos contre les ondes? Comment prouver l'innocuité des antennes dans ces conditions**? Des symptômes "nocebo" sont-ils une raison suffisante pour retirer une antenne? Et pourquoi pas, si ce sont les mêmes?


* Pour les très brèves histoires, j'essaye Twitter

**D'après l'Académie de Médecine, les antennes relais exposent beaucoup moins que les téléphones eux-mêmes, et aucun risque ne semble avéré. A suivre, comme toujours....
Par Benjamin - Publié dans : Science & Société
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Mardi 24 mars 2009
Aujourd'hui 24 mars, c'est la journée mondiale de la tuberculose, ce qui explique la résurgence de cette vieille maladie dans les médias. La tuberculose, comme vous pourrez le relire dans ce billet, c'est la grande maladie du XIXème siècle, celle qui évoque les cités ouvrières, Zola et la microbiologie allemande... on a fait plus réjouissant! Mais au vu de ce lourd passé, on ne peut s'empêcher de se demander si ce vieux fléau est toujours d'actualité...

Parcourez donc le rapport de l'OMS qui fait le point sur la tuberculose dans le monde. En 2007, on estime à 9 273 000 le nombre de nouveaux cas de tuberculose (une légère augmentation par rapport à 2006), les plus gros contingents étant fournis par la Chine, l'Inde, l'Indonésie, le Nigéria, l'Afrique du Sud... Ces chiffres m'amènent à rappeler que l'on peut très bien porter le bacille de Koch de nombreuses années et mourir de vieillesse, mais tout de même, 1 772 000 en sont mortes en 2007. Comme un malheur n'arrive jamais seul, le fort impact de la tuberculose en Afrique par rapport au nombre d'habitants s'explique par la forte prévalence du VIH. C'est tragique et parfaitement logique: le VIH sape les défenses immunitaires qui contiennent l'installation et la progression de la tuberculose. C'est pourquoi à l'échelle mondiale 15% des nouveaux cas de tuberculose étaient déjà porteurs du VIH.

Et en France alors? On peut entendre nombre de jeunes et/ou futurs parents s'interroger sur la pertinence du BCG pour leur enfant, maintenant que ce vaccin né dans la douleur n'est plus obligatoire (quand il n'est pas question d'opposition idéologique au vaccin). La déclaration de cette maladie étant elle obligatoire, on dispose de statistiques assez précises:  5 588 cas ont ainsi été déclarés en 2007, essentiellement en région parisienne, ce qui constitue une augmentation de 5% par rapport à 2006, soit un come-back plus que respectable à cet âge. On dispose de quelques éléments de démographie dans ce document de l'insitut de Veille Sanitaire. Il existe une influence peu politiquement correcte du lieu de naissance: chez les personnes nées en France, ce sont les personnes âgées qui sont les plus touchées, plutôt les jeunes adultes chez les personnes nées hors de France, catégorie bien plus touchée dans son ensemble. Comme partout dans le monde, il existe en France une corrélation entre la tuberculose et le VIH: 20% des cas déclarés sont associés au VIH. il n'est donc pas question de négliger la tuberculose en France, mais sans en faire une psychose, elle ne fait "que" 89 malades et 12 morts pour un million d'habitants. Il est donc recommandé de vacciner les enfants vivant dans des conditions considérées "à risque", comme la région parisienne.

Pour résumer, on peut dire que la tuberculose se nourrit toujours autant des classiques misères humaines, mais qu'elle s'est remise à la mode en agrémentant son menu d'un autre fléau bien moderne, le VIH.
Par Benjamin - Publié dans : Microbiologie
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Samedi 21 février 2009
Voici une petite vidéo qui a déjà fait le tour du web; elle reprend des extraits du fameux discours du président de la république au sujet de la recherche française, tout en intercalant des éléments de réponse proposés par des chercheurs du CNRS.


Tout d'abord, il n'est pas étonnant que ce discours ait littéralement mis le feu aux poudres. Nicolas Sarkozy y exprime au pire un inquiétant mépris du monde de la recherche, au mieux une certaine défiance. Je m'étonne même qu'un animal politique comme lui se soit appliqué à se mettre toute une communauté à dos! Au-delà de la forme insultante, il reste de le fond: les affirmations qu'on y trouve sont spécialement biaisées (on trouvera toujours "certains secteurs" où les chercheurs français sont moins productifs que les anglais, ça arrive et c'est tout, même les anglais ont le droit d'avoir des qualités), voire mensongères (à l'entendre, la recherche française, jamais évaluée, croule sous les moyens depuis un an ou deux).

On a déjà beaucoup écrit en réponse à ce discours du 22 janvier, alors aujourd'hui j'ai plutôt envie de m'intéresser à certains contre-arguments avancés par les scientifiques, ceux que l'on trouve dans la vidéo, mais aussi dans une lettre de directeurs de laboratoires de l'IN2P3 (voir chez Lydie), celle d'une directrice de recherche de l'université Paris XI, ou encore dans le rapport de circonstance (pdf) du mouvement Sauvons la Recherche. Je ne reprendrai pas tout l'argumentaire maintenant bien rôdé des chercheurs, mais uniquement les points qui me font tiquer, ce qui, j'en suis sûr, va m'attirer de nombreuses sympathies.

L'évaluation des chercheurs.

C'est un des points les plus polémiques du discours de NS, qui ne sous-entend pas, mais affirme que les chercheurs ne sont jamais évalués (ou alors qu'ils s'évaluent eux-mêmes). Les chercheurs affirment l'inverse, avec raison d'ailleurs.

A ce sujet, et indépendamment du fondement de l'évaluation des chercheurs, j'ai constaté un travers, qu'au début je qualifiais de "glissement", mais qui maintenant m'horripile (je suis un sensible): les scientifiques considèrent fréquemment la revue par les pairs (peer-review) dans le processus de publication scientifique comme faisant partie de leur évaluation. Rappelons brièvement comment cela fonctionne: lorsque l'on souhaite publier ses résultats de recherche dans une revue scientifique, il faut d'abord soumettre son manuscrit à l'examen de deux ou trois autres chercheurs du domaine qui restent anonymes (c'est d'ailleurs le même principe obtenir des financements de l'ANR ou autre).

Pourquoi n'est-ce pas de l'évaluation? Lorsqu'un article est refusé, même si l'évaluation par les pairs (qui reste entre les auteurs et quelques personnes) est catastrophique, elle n'a aucune conséquence en tant que telle sur la carrière du scientifique. Heureusement, car ce n'est pas sa vocation: la revue par les pairs sert à évaluer un travail de recherche bien défini et sa mise en forme, et non l'ensemble de la recherche d'un scientifique. On pourra mentionner un effet indirect: à force de voir ses articles refusés, on a peu de publications, ce qui est nuisible à la carrière... un raisonnement qui n'est donc valide que s'il existe une autre évaluation où l'on compte effectivement ces publications.

Alors, si les scientifiques pouvaient arrêter avec cette fameuse "évaluation en temps réel", et tant qu'on y est, ne pas mentionner les rapports d'activité de pure forme lorsqu'il est question d'évaluation... ce n'est pas la peine!

Le rang de la France dans la recherche mondiale

C'est l'effet papillon: trois personnes pondent un classement des universités à l'autre bout du monde (Shangaï, pour être précis), en France quelques politiques l'utilisent pour appuyer leurs réformes, provoquant une tempête dans la communauté scientifique. Pour cotnredire Sarkozy qui fait allusion au classement de Shangaï, il convient de saper ce dernier, de diminuer sa portée. Chez SLR, après s'être appuyé sur un classement de l'Ecole des Mines qui place la France au troisième rang mondial, mais fait par les Mines et pour les Mines (et le système français de grandes écoles), avec des "si" on met littéralement Paris en bouteille (du moins le 5ème arrondissement):

Un autre [classement], qui prend en compte la concentration géographique des performances en adoptant comme référentiel la superficie du campus d’Harvard (1ère université dans la plupart de classements), montre qu’en intégrant toutes les universités, écoles, instituts de recherche et laboratoires du quartier latin à Paris sur une même superficie que le campus d’Harvard, la France obtiendrait le 1er rang dans un classement utilisant les mêmes critères que le classement de Shanghai.

Dans mon billet sur le classement de Shangaï, j'écrivais qu'il n'était peut-être pas parfait, mais qu'il pouvait servir d'indicateur et que l'on ne pourrait pas inventer un classement qui soit flatteur pour la France. J'avais tort, soit, mais convenez que celui-ci est un peu capillotracté!

Le même document de SLR déplore également que seule la recherche publiée en anglais soit prise en compte. Jai été un peu surpsis, mais il me semble que pour se situer dans une recherche internationale, donc dès que l'on fait le choix de se placer dans cette logique de classement, il faut bien se soumettre au standard du moment qui est l'anglais. Deal with it.

"L'arbre qui cache la forêt", c'est-à-dire, selon NS, les meilleurs chercheurs (prix Nobel ou Turing, médailles Fields) ou domaines (mathématiques, physiques, sciences de l'ingénieur), qui occulteraient l'état général de la recherche en France.

Dans la lettre en provenance de l'IN2P3, les chercheurs protestent "d'une compétence et d'un dévouement remarquables pour réaliser de grands projets scientifiques qui défient l’imagination", et s'indignent: "quel contraste entre vos propos dégradants et le caractère exceptionnel de leurs réalisations!". C'est vrai qu'après une telle tirade, on ne voit pas comment s'en prendre à d'aussi brillants chercheurs. Quel est le problème? Cette réponse émane de l'IN2P3, un insitut de recherche... en physique, soit un des arbres explicitement nommés par Sarkozy. Comment cette réponse pourrait-elle le toucher?

Dans le même esprit, le rapport SLR s'applique à faire repasser la France devant le Royaume-Uni (une comparaison qui a manifestement rouvert de vieilles blessure et fait couler beaucoup d'encre), et pour ce faire ne considère que le domaine.. de la physique!

Enfin, lorsque la vidéo répond aux attaques sur "la qualité de la recherche française", c'est en utilisant l'exemple... du CNRS, classements flatteurs à l'appui. D'ailleurs, au même moment, on voit le CNRS occuper une glorieuse première place européenne et la quatrième mondiale. Impressionnant, mais sauf erreur de ma part, ce rang concerne soit sa taille, soit sa visibilité sur le web! Quel rapport avec la qualité de la recherche française dans son ensemble? Dans la même image, on apprend qu'en termes de publications il occupe la cinquième place mondiale, ce qui est une manière plus pertinente de classer les instituts. D'accord, ça reste honorable, mais est-ce bien pertinent? le CNRS est l'un des instituts les plus sélectifs en France, il est difficile de l'assimiler à l'ensemble de la recherche française! Le CNRS ne compte-t-il pas au nombre de ces "arbres"?

Bref, rester derrière son arbre ce n'est pas donner tort à Sarkozy. Ce n'est pas un crime d'admettre que la recherche d'un pays peut avoir des points forts, donc des points faibles, mais qui méritent tout de même qu'on les défende (perspective digne de la bible: l'enfant préféré de l'homme sage, c'est celui qui est malade, jusqu'à ce qu'il guérisse).

Pour résumer, j'ai l'impression que comme les réponses à ce discours procèdent d'un sentiment d'offense par ailleurs  justifié, elles s'apparentent parfois à des réactions d'orgueil et ne sont donc pas toujours des plus convaincantes ni des plus objectives, c'est humain! Puisque ces réactions sont motivées par la contradiction de Sarkozy, il n'est pas question de reconnaître l'existence de certains problèmes. Finalement, j'ai peur qu'elles ne brossent un tableau trop optimiste de la recherche et de l'enseignement supérieur en France: une recherche des plus compétitives ("D’autres classements utilisant des critères différents placent la France dans les tout premiers rangs mondiaux", SLR) et des universités parmi les plus attractives au monde ("le rayonnement du système universitaire français assure donc une attractivité mondiale réelle", SLR). Si c'était le cas, au vu des moyens engagés dans l'enseignement supérieur et la recherche, la France bénéficierait non seulement d'un rang très flatteur mais aussi d'une efficacité tout bonnement exceptionnelle; et si c'était le cas, comment convaincre ce même président d'investir dans la recherche de son pays?

Par Benjamin - Publié dans : Le monde de la recherche
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Jeudi 5 février 2009
Si vous saviez déjà écrire votre nom dans les années 90, le titre de ce billet vous rappellera invinciblement certaines répliques de la "Cité de la Peur", alors laissez-moi vous détromper: dans ce film, il s'agit d'un hippopotame et non d'un rhinocéros. La question de la supériorité de tel pachyderme sur un autre peut vous sembler dénuée d'intérêt, incongrue ou loufoque; on la conçoit donc sans peine dans le cadre d'une comédie reposant sur l'absurde et le second degré. Pourtant, elle fut posée avec grand sérieux à la cour du roi Manuel 1er du Portugal au début du XVIème siècle. En effet, ce monarque s'était vu offrir un magnifique rhinocéros en provenance de Goa, coqueluche en devenir du peuple, des lettrés, des savants comme des artistes. Haut de 1m 80 et pesant environ deux tonnes, héritier du mythe de la licorne, le mastodonte débarqué à Lisbonne le 20 mai 1515 suscita aussitôt l'admiration et la curiosité, notamment parmi les hommes de science. Quelle étrange peau! Quelle bizarre corne! Quelle impression de force! Rapidement surgit la question fatidique: le formidable animal était-il plus fort que l'éléphant, autre colosse que l'on croyait son ennemi mortel? Bien avant l'apparition de la méthode scientifique, on allait trancher la question par l'expérience!

Par la volonté du roi, voici donc nos deux béhémoths dans l'arène, le 3 juin 1515... quelle fut l'issue du combat? Voyons le récit qu'en fait Michel Pastoureau dans son livre "les animaux célèbres":

Le roi et les spectateurs furent déçus: intimidé, trop jeune, mal en point, l'éléphant refusa l'affrontement et ne cessa de fuir devant les assauts de son adversaire. Le rhinocéros fut déclaré vainqueur et proclamé "le plus fort de tous les animaux terrestres".

Les supporters de l'éléphant seront déçus à juste titre, et pourront invoquer le trac, une nourriture trop lourde... il semble bien qu'avoir toute sa force concentrée dans la trompe ne suffit pas! Voici notre rhinocéros vainqueur par forfait, désormais considéré comme le plus puissant animal de la création. Tenter l'expérience était déjà une curiosité en soi, mais les conséquences sur la culture de l'époque furent plus étonnantes encore:

La nouvelle de sa victoire se répandit dans l'Europe entière et modifia pour plusieurs décennies la symbolique animale. Le trône du lion fut même ébranlé: qu'aurait pesé, en effet, un simple lion face à rhinocéros? [...] Méritait-il encore son titre de "roi des animaux"? Trois générations d'auteurs se posèrent cette difficile question jusque dans les années 1580-1600.

Et effectivement, le pachyderme fit alors son apparition sur les emblèmes des grands de ce monde, incontestable symbole de son succès. Il est tout de même suprenant qu'une vague corrida un peu exotique ait eu autant d'influence à travers l'Europe, et aussi rapidement!  Mais qu'advint-il de notre rhinocéros? Auréolé de gloire, notre gladiateur devait connaître à la fois une bien triste fin et un destin hors du commun: offert par Manuel 1er au pape Léon X, il périt en mer lors du naufrage de son bateau, en janvier 1516. La légende raconte qu'il fut par la suite rejeté sur la côte, empaillé et finalement offert au pape. On sait plus sûrement qu'il inspira une gravure sur bois réalisée en Allemagne (voir ci-dessous), passablement fantaisiste, connue sous le nom de Rhinocéros de Dürer, qui allait exercer une fascination durable sur les savants et artistes des siècles à venir.





Par Benjamin - Publié dans : Divers Sciences
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Lundi 2 février 2009
En vagabondant sur le fabuleux destin du pingouin, je suis tombé sur une vidéo contre l'expérimentation animale. Je vous laisse la regarder, après quoi je vous proposerai ma propre lecture.



A vrai dire, je me moque du cas de Mars, qui doit se contenter de faire un peu de R&D sur l'obésité, et à vrai dire, le documentaire s'en fiche pas mal lui aussi: comme on l'apprend à la fin de la vidéo, il montre des tests non pratiqués par la compagnie (et pourquoi diantre un confiseur chercherait-il à implanter un port série dans le crâne d'un chat?). Il s'agit bien d'un document à charge contre l'expérimentation animale en général. En dehors de la mise en scène et des techniques classiques de manipulation (à la guerre comme à la guerre), la vidéo emploie à cet effet des arguments qui ont fait bondir le biologiste que je suis, même si je n'utilise pas d'animaux, et même si je ne cautionne pas systématiquement ce genre de tests.


"Homme / souris : pas de correspondance"
(1'30)

Voici un argument qui doit être très efficace! C'est évident, que peut nous apprendre une souris de la biologie humaine? Les deux sont
complètement différents, non? Voilà qui me permet de rappeler que dans un monde sans sentiments, l'expérimentation serait idéalement menée sur des humains (ce qui arrive parfois), et qui m'amène à introduire une notion qui sera bien utile aujourd'hui, la notion de modèle. Un modèle, qu'il soit biologique, informatique, mathématique, qu'il soit un schéma sur un tableau, une simulation sur un ordinateur ou une culture de cellules, c'est une représentation simplifiée de la réalité, bien utile lorsqu'on ne peut manipuler directement cette réalité, pour des raisons pratiques (changer la masse du soleil) ou éthiques (prouver qu'un produit est mortel pour l'homme). La souris est un de ces modèles, et parmi les plus utiles qui soient en biologie: c'est un animal pas trop gros, prolifique, avec un cycle de développement court, qualités qui en font un modèle pratique. Surtout, la souris est plus proche de l'homme qu'on ne le pense: ce sont deux mammifères avec les mêmes organes et des ensembles de gènes très similaires, ce qui fait de la souris un modèle pertinent pour étudier la biologie humaine, au point que de nombreuses avancées fondamentales ou médicales sont passées par ce petit rongeur.

"Maintenant que nous avons séquencé le génome humain, pourquoi continuer à tourmenter des primates?"
  (1'40)

Autrement dit, pourquoi faire des expériences "grandeur nature" avec tous leurs inconvénients alors que nous disposons de l'ensemble de l'information génétique humaine? C'est sans doute un peu de la faute des scientifiques, qui ont trop vendu leurs projets de séquençage, à moins qu'ils en aient trop espéré. Vous savez ce que c'est, quand on soumet un projet de recherche pour obtenir un financement, il faut promettre de guérir Alzheimer, le SIDA et l'obésité... Ce penchant n'a pas de conséquences entre scientifiques qui connaissent la portée relative de ces promesses et emploient les précautions rhétoriques d'usage, mais il devient un problème quand on est pris au mot, par naïveté ou par mauvaise foi. Il est temps de faire éclater la vérité au grand jour: la séquence du génome humain n'explique pas toute la physiologie humaine. La séquence d'un génome est certes une importante mine d'informations et un outil formidable pour les généticiens, mais si vous me permettez une analogie, c'est comme posséder tous les mots d'un livre dans le désordre: on sait qu'ils doivent avoir un sens, mais les ordonner est simplement trop complexe tant qu'on ne sait pas lequel.


Plus loin, on retrouve des affirmations équivalentes:
"nous avons des cultures cellulaires, alors pourquoi continuer de torturer des animaux?"

On retombe encore sur la question des modèles et de leur pertinence. Par exemple, on "peut cloner de la peau" (si l'on peut dire...) pour étudier les brûlures, mais pour les scientifiques qui s'intéressent aux infections des peaux brûlées, il faut un modèle qui intègre un système immunitaire... c'est-à-dire un animal. De même, les organes ne peuvent être construits en laboratoire: coeur, foie, cerveau... et sont plus complexes que la somme de leurs cellules, sans parler de la difficulté de cultiver ces dernières.


"Tout cela est non scientifique car imprécis"
(de manière plus ou moins subliminale autour de 2'50)

Mon Dieu! Il faut très vite en informer les milliers de thésards qui à travers le monde utilisent des modèles animaux! Tant que nous y sommes, il faut aussi dire aux astrophysiciens que les étoiles qu'ils simulent dans leurs ordinateurs ne sont pas
vraies, et aux mathématiciens qu'ils emploient toujours une valeur approchée de pi! Rassurons tout le monde: ce n'est pas parce qu'on utilise des approximations ou des modèles qui ne sont pas l'exact reflet de la réalité que la démarche n'est pas "scientifique" et que les résultats sont totalement invalides. Ou alors, c'est un sacré miracle que l'on ait réussi à développer tous ces vaccins sur des animaux, découvrir les mécanismes de la génétique chez la mouche, la bactérie et la levure, ceux du développement chez l'oursin et la grenouille.

Moralité : il ne faut pas croire tout ce que dit un comédien avec une blouse blanche. Si après ça vous avez envie de me lyncher, prêtez attention à ce qui suit: je n'affirme pas que Mars a raison de mener ses tests, ni que ces derniers sont un mal toujours nécessaire. Par exemple, je ne suis pas convaincu de l'utilité de mettre des primates en cage pour tester des cosmétiques. En revanche, il me semble qu'être pour ou contre l'expérimentation animale dépend de l'idée que l'on se fait des animaux, c'est une posture éthique. Si l'on abandonnait demain cette pratique, ce serait pour des raisons éthiques, mais en aucun cas parce que dans l'absolu elle est inutile à la science ou non valable scientifiquement. On peut affirmer que c'est mal de disséquer un chimpanzé, mais pas prétendre que l'on ne peut rien en apprendre sur la biologie humaine. En attaquant sur les deux fronts sans discernement, cette vidéo propage de fausses conceptions de ce qu'est la science expérimentale.


Au sujet de l'expérimentation animale, je devrais peut-être préciser que l'immense majorité des chercheurs n'y prend aucun plaisir, que les responsables de ce genre de travaux reçoivent une formation spécifique (du moins en France), et enfin qu'elle est contraignante et très coûteuse. Lorsque l'on peut s'en passer grâce à une culture cellulaire ou par la contemplation du génome, on hésite rarement.

Finalement, je ne suis pas surpris: cette campagne provient de l'association PETA, qui propose (sans rire) de remplacer le lait de vache par du lait... humain dans l'alimentation humaine. Délicieux, sans aucun doute, mais probablement insuffisant en volume, et un peu cher (sans même aborder la question des circuits de distribution...). Dernier sacrilège en date, double celui-ci: proférer des absurdités sur le fromage et ses bactéries!



Par Benjamin - Publié dans : Science & Société
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Jeudi 29 janvier 2009
Pour fêter le prochain anniversaire de Darwin, le Bacterioblog entre dans la farandole avec une question presque intime:

Quel est le scientifique qui a le plus apporté à la théorie de l'évolution au cours du XXème siècle?

Bien sûr, je ne crois pas que nous arriverons à une réponse définitive, l'intérêt réside surtout dans les arguments qui suportent les différentes réponses possibles. Par exemple, peut-on avancer le nom d'un Gould ou d'un Dawkins? Faut-il faire abstraction de leur effort de vulgarisation (donc de leur célébrité), et ne retenir que leur apport conceptuel? Dans ce cas, pourquoi pas Hamilton? John Maynard Smith? Que dire de la "synthèse néodarwinienne" de Haldane ou Fisher? Faut-il prendre en compte le penchant de ce dernier pour l'eugénisme? Vos points de vue m'intéressent!

Par Benjamin - Publié dans : Bacterioquizz-concours
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