La construcción física del mapa del ADN a menudo incluye el aislamiento de grandes fragmentos de ADN en clones, como los YAC y los BAC. Estos clones se analizan para determinar cuáles contienen ADN en común, o en otras palabras cuales están superpuestos. Estos clones contiguos constituyen un "contig" donde los clones adyacentes tienen en común parte de su secuencia. Los "contigs" son importantes porque brindan la posibilidad de estudiar un segmento del genoma completo especialmente cuando se buscan genes con ciertas características y cuando se desea establecer la secuencia de grandes fragmentos de un cromosoma.

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