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Los investigadores también utilizan microarreglos para detectar las diferencias en los patrones de actividad genética aún en el mismo tipo de tumor. En muchos casos, los investigadores han descubierto que lo que había sido considerado un tipo individual de cáncer-basado en la manera en que las células se observaban bajo el microscopio-era en realidad dos, tres o aún más subtipos, cada uno con un patrón de expresión de genes distinto. Por ejemplo, utilizando los microarreglos, los investigadores han identificado nuevos tipos de leucemia y descubierto que el tipo de cáncer de pulmón más común (adenocarcinoma de pulmón) es en realidad cuatro tipos distintos de cánceres, cada uno con su propio patrón de expresión de genes.
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