A medida que Alemania iba avanzando en la conquista de Europa entre los años 1939 y 1941, las SS crearon varios campos de concentración nuevos en los que encerraba al creciente número de prisioneros políticos, grupos de resistencia y grupos considerados como razas inferiores, como los judíos y los romaníes (gitanos). Entre estos nuevos campos se encontraban: Gusen (1939), Neuengamme (1940), Gross-Rosen (1940), Auschwitz (1940), Natzweiler (1940), Stutthof (1942) y Majdanek (febrero de 1943). Entre 1939 y 1942, Stutthof sirvió como campo de formación para trabajos forzados de la Gestapo.
Tras el comienzo de la guerra, los campos de concentración también se convirtieron en lugares donde se llevaba a cabo la matanza de pequeños grupos que las autoridades nazis consideraban peligrosos por motivos políticos o raciales. Por ejemplo, varios cientos de judíos holandeses fueron detenidos en represalia por una huelga de tránsito que tuvo lugar en el invierno de 1941 en la que se protestaba contra la persecución de los judíos que los nazis llevaban a cabo en Holanda. En febrero de 1941 fueron enviados a Mauthausen, donde el personal de las SS los exterminó por completo dentro de unos pocos días. En el otoño de 1942 se puso en libertad a miles de "sospechosos de atentar contra la seguridad" que se encontraban en las cárceles alemanas, quienes fueron enviados a campos de concentración y, literalmente, trabajaron hasta morir a través de un programa denominado "Exterminio mediante el trabajo" (Vernichtung durch Arbeit). Finalmente, los miembros de los movimientos de resistencia nacional capturados eran enviados a los campos de concentración, donde los asesinaban tan pronto como llegaban.