La técnica de corte aleatorio se basa en cortar el ADN genómico usando métodos físicos tales como ondas de ultrasonido. Es una manera de cortar el ADN mecánicamente. Esto brinda dos ventajas importantes. Primero, todos los fragmentos tienen tamaños similares y segundo, el tamaño de los fragmentos puede ser regulado por la intensidad de las ondas que se aplican a la muestra. Es como ensamblar un rompecabezas con piezas más pequeñas para obtener una mejor resolución. Los fragmentos son clonados y secuenciados automáticamente. Esta técnica no es nueva, pero se hizo muy conocida cuando se uso para secuencia del genoma de varios organismos, como las bacterias, la levadura, la mosca de la fruta y hasta el ser humano.

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