caArray 1.5 API

MAGE-OM Domain Objects
org.biomage.Array  
org.biomage.ArrayDesign  
org.biomage.AuditAndSecurity  
org.biomage.BioAssay  
org.biomage.BioAssayData  
org.biomage.BioEvent  
org.biomage.BioMaterial  
org.biomage.BioSequence  
org.biomage.BQS  
org.biomage.Common  
org.biomage.Description  
org.biomage.Description.Ontology  
org.biomage.DesignElement  
org.biomage.Experiment  
org.biomage.HigherLevelAnalysis  
org.biomage.Interface  
org.biomage.Measurement  
org.biomage.Protocol  
org.biomage.QuantitationType  

 

MAGE-OM Tools
org.biomage.tools.apps.annot  
org.biomage.tools.apps.annot.data  
org.biomage.tools.apps.annot.pages  
org.biomage.tools.apps.annot.validator  
org.biomage.tools.generate_classes  
org.biomage.tools.generate_cpp  
org.biomage.tools.generate_doc  
org.biomage.tools.generate_dtd  
org.biomage.tools.generate_er  
org.biomage.tools.generate_java  
org.biomage.tools.helpers  
org.biomage.tools.xmlutils  

 

caARRAY Services Layer
gov.nih.nci.caarray.services.array  
gov.nih.nci.caarray.services.array.ejb  
gov.nih.nci.caarray.services.array.test  
gov.nih.nci.caarray.services.arraydesign  
gov.nih.nci.caarray.services.arraydesign.ejb  
gov.nih.nci.caarray.services.arraydesign.loader  
gov.nih.nci.caarray.services.arraydesign.loader.affymetrix  
gov.nih.nci.caarray.services.arraydesign.loader.agilent  
gov.nih.nci.caarray.services.arraydesign.loader.genepix  
gov.nih.nci.caarray.services.arraydesign.loader.handler  
gov.nih.nci.caarray.services.arraydesign.loader.illumina  
gov.nih.nci.caarray.services.arraydesign.loader.imagene  
gov.nih.nci.caarray.services.arraydesign.loader.ucsf  
gov.nih.nci.caarray.services.arraydesign.test  
gov.nih.nci.caarray.services.bioassaydata  
gov.nih.nci.caarray.services.bioassaydata.descriptor  
gov.nih.nci.caarray.services.bioassaydata.reader  
gov.nih.nci.caarray.services.biomaterial  
gov.nih.nci.caarray.services.biomaterial.ejb  
gov.nih.nci.caarray.services.biomaterial.test  
gov.nih.nci.caarray.services.contact  
gov.nih.nci.caarray.services.contact.ejb  
gov.nih.nci.caarray.services.contact.test  
gov.nih.nci.caarray.services.exception  
gov.nih.nci.caarray.services.experiment  
gov.nih.nci.caarray.services.experiment.ejb  
gov.nih.nci.caarray.services.experiment.test  
gov.nih.nci.caarray.services.fileparse  
gov.nih.nci.caarray.services.fileparse.gal  
gov.nih.nci.caarray.services.fileparse.gal.magemapping  
gov.nih.nci.caarray.services.fileparse.gpr  
gov.nih.nci.caarray.services.fileparse.mdb  
gov.nih.nci.caarray.services.fileparse.test  
gov.nih.nci.caarray.services.fileparse.test.usecases  
gov.nih.nci.caarray.services.fileparse2  
gov.nih.nci.caarray.services.fileparse2.arraydesign  
gov.nih.nci.caarray.services.fileparse2.arraydesign.test  
gov.nih.nci.caarray.services.fileparse2.arraydesign.zonematchers  
gov.nih.nci.caarray.services.fileparse2.hybridization  
gov.nih.nci.caarray.services.fileparse2.mdb  
gov.nih.nci.caarray.services.fileparse2.parsers  
gov.nih.nci.caarray.services.fileparse2.parsers.test  
gov.nih.nci.caarray.services.fileparse2.util  
gov.nih.nci.caarray.services.fileupload  
gov.nih.nci.caarray.services.fileupload2 This package provides supporting persistable beans for managing hybridization and array design file upload and parsing processes...
gov.nih.nci.caarray.services.fileupload2.ejb  
gov.nih.nci.caarray.services.fileupload2.mdb  
gov.nih.nci.caarray.services.hybridization  
gov.nih.nci.caarray.services.hybridization.ejb  
gov.nih.nci.caarray.services.mageloader  
gov.nih.nci.caarray.services.mageloader.test  
gov.nih.nci.caarray.services.mageml  
gov.nih.nci.caarray.services.mageml.ejb  
gov.nih.nci.caarray.services.mageml.mdb  
gov.nih.nci.caarray.services.protocol  
gov.nih.nci.caarray.services.protocol.ejb  
gov.nih.nci.caarray.services.protocol.test  
gov.nih.nci.caarray.services.security  
gov.nih.nci.caarray.services.security.db  
gov.nih.nci.caarray.services.security.ejb  
gov.nih.nci.caarray.services.security.intf  
gov.nih.nci.caarray.services.security.mageom  
gov.nih.nci.caarray.services.security.mageom.mdb  
gov.nih.nci.caarray.services.security.test  
gov.nih.nci.caarray.services.security.test.usecases  
gov.nih.nci.caarray.services.test  
gov.nih.nci.caarray.services.test.ejb  
gov.nih.nci.caarray.services.test.usecases  
gov.nih.nci.caarray.services.useradmin  
gov.nih.nci.caarray.services.useradmin.ejb  
gov.nih.nci.caarray.services.useradmin.test  
gov.nih.nci.caarray.services.util  
gov.nih.nci.caarray.services.util.cache  
gov.nih.nci.caarray.services.util.dataconverter  
gov.nih.nci.caarray.services.util.dataconverter.assembler  
gov.nih.nci.caarray.services.util.dataconverter.mapper  
gov.nih.nci.caarray.services.util.dataconverter.mapper.fieldmappers  
gov.nih.nci.caarray.services.util.dataconverter.test  
gov.nih.nci.caarray.services.util.db  
gov.nih.nci.caarray.services.util.file  
gov.nih.nci.caarray.services.util.fileuploadapplet  
gov.nih.nci.caarray.services.util.httpfileuploadapplet  
gov.nih.nci.caarray.services.util.jms  
gov.nih.nci.caarray.services.util.mage  
gov.nih.nci.caarray.services.util.netcdf  
gov.nih.nci.caarray.services.util.netcdf.test  
gov.nih.nci.caarray.services.util.netcdf.test.usecases  
gov.nih.nci.caarray.services.util.ojb  
gov.nih.nci.caarray.services.util.ojb.conversions  
gov.nih.nci.caarray.services.util.parse  
gov.nih.nci.caarray.services.util.properties  
gov.nih.nci.caarray.services.util.transaction  
gov.nih.nci.caarray.services.vocab  
gov.nih.nci.caarray.services.vocab.ejb  
gov.nih.nci.caarray.services.vocab.test  

 

caARRAY Web/UI Layer
gov.nih.nci.caarray.ui  
gov.nih.nci.caarray.ui.arraydesign  
gov.nih.nci.caarray.ui.biomaterial  
gov.nih.nci.caarray.ui.contact  
gov.nih.nci.caarray.ui.core  
gov.nih.nci.caarray.ui.experiment  
gov.nih.nci.caarray.ui.experiment.data  
gov.nih.nci.caarray.ui.login  
gov.nih.nci.caarray.ui.ontology  
gov.nih.nci.caarray.ui.protocol  
gov.nih.nci.caarray.ui.test  
gov.nih.nci.caarray.ui.useradmin  

 

caARRAY Common Data Layer
gov.nih.nci.caarray.common.data.array  
gov.nih.nci.caarray.common.data.arraydesign  
gov.nih.nci.caarray.common.data.biomaterial  
gov.nih.nci.caarray.common.data.contact  
gov.nih.nci.caarray.common.data.designelement  
gov.nih.nci.caarray.common.data.experiment  
gov.nih.nci.caarray.common.data.fileupload2  
gov.nih.nci.caarray.common.data.measurement  
gov.nih.nci.caarray.common.data.protocol  
gov.nih.nci.caarray.common.data.security  
gov.nih.nci.caarray.common.data.useradmin  
gov.nih.nci.caarray.common.data.util  
gov.nih.nci.caarray.common.data.vocab  

 

caARRAY Common Delegate Layer
gov.nih.nci.caarray.common.delegate  

 

caARRAY Common Utilities
gov.nih.nci.caarray.common.util  

 

Other Packages
gov.nih.nci.caarray.common.exception  
gov.nih.nci.caarray.loader