Los CDC son uno de los componentes operativos más importantes del Departamento de Salud y Servicios Humanos. (en inglés)
La agencia está compuesta por las siguientes estructuras organizativas:
La Oficina del Director (CDC/OD) administra y dirige las actividades de los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades; tiene a cargo la dirección general y evaluación de los programas científicos y médicos de los CDC; y dirige, coordina y evalúa las actividades de la gerencia administrativa.
El Instituto Nacional para la Salud y Seguridad Ocupacional (National Institute for Occupational Safety and Health, NIOSH) busca garantizar la seguridad y la salud de todas las personas en su trabajo, a través de la investigación y la prevención.
Cada componente organizativo de los CDC responde de manera individual desde su área de experiencia y ofrece todos sus recursos y conocimientos para atender temas globales y enfrentar amenazas específicas de salud.