Las nuevas células trasplantadas se dirigen hacia su residencia, la médula ósea, se injertan y después empiezan a producir nuevas células sanguíneas saludables. Las células madre (troncales) sanguíneas periféricas por lo general restauran la médula ósea en alrededor de dos semanas pero pueden tomar hasta cinco semanas si las células madre provienen de la médula ósea misma. El restaurar la función inmune completa puede tomar varios meses en trasplantes autólogos y de uno a dos años en trasplantes alogénicos. Durante la recuperación del paciente, los médicos pueden determinar si el cáncer ha regresado tomando muestras de sangre o aspirando cantidades pequeñas de médula ósea a través de una aguja para biopsia.