Los trasplantes de células madre (troncales) de la sangre donadas traen consigo sus propios "antígenos" distintivos de "lo propio". El sistema inmunológico del (de la) paciente, el cual es conocido como huésped, detecta que estos antígenos "no hacen juego" o son "extraños". Esto provoca que las células inmunes del paciente ataquen a las células donadas (trasplantadas), las cuales se conocen como un injerto y este asalto puede conducir al rechazo del trasplante por parte del paciente ("huésped vs. injerto"). 

Sin embargo, más frecuentemente, algunas células inmunes donadoras maduras que se mezclan entre las células madre de la sangre trasplantadas reconocen a los antígenos en las células del cuerpo del paciente (huésped) como "extraños". Esto causa que el trasplante ataque a los tejidos y órganos del (de la) paciente. El resultado es enfermedad de "injerto vs. huésped", la cual puede ser muy grave.