Su sistema inmune también tiene un mecanismo de frenado, un control para prevenir que las respuestas inmunes actúen sobre "lo propio". Sin este control, las enfermedades autoinmunes podrían florecer. Un tipo adicional de células inmunes-células T reguladoras-son estos agentes críticos de frenado.

Los investigadores aún no saben exactamente la manera en que las células T reguladoras operan. Algunos piensan que estas células T reconocen y compiten por los mismos antígenos que aquéllos que activan a las células T auxiliares y citotóxicas, pero que las células T reguladoras se concentran en un epítope diferente. Otra posibilidad es que las células T citotóxicas o auxiliares solamente se multiplican cuando las células T reguladoras están ausentes.

Las células T reguladoras se han vuelto importantes para los investigadores que están intentando aumentar la eficiencia de las vacunas contra el cáncer y el SIDA (AIDS, en inglés). Además de incrementar la antigenicidad del elemento inmunizante, un mejor entendimiendo de las células T reguladoras le permitirá a los científicos reducir la actividad de frenado del sistema inmunológico, la cual frecuentemente limita la efectividad de las vacunas.