Au cours de son existence, le camp s'agrandit pour comprendre huit sections : un "camp de prisonniers", deux camps de femmes, un camp spécial, un camp neutre, un "camp étoile", un camp hongrois, et un camp de tentes. Le "camp de prisonniers" recevait des Juifs transférés des camps de concentration du Struthof-Natzwiller et de Buchenwald pour construire le camp. Il ferma en février 1944. En mars 1944, des prisonniers d'autres camps de concentration qui étaient trop malades ou n'étaient plus en état de travailler furent amenés à Bergen-Belsen, qui devint aisni une sorte de "camp hôpital". Le camp spécial reçut 2 400 Juifs de Pologne qui possédaient des papiers (en général des passeports ou des visas d'entrée de pays d'Amérique Centrale) délivrés par des pays étrangers. Les SS et la police allemande en déportèrent 1 700 à Auschwitz, où ils furent tous assassinés.

Le camp neutre fut réservé à 350 Juifs citoyens de pays neutres tels que l'Espagne, le Portugal, l'Argentine et la Turquie. Le "camp étoile" comptait quelque 4 000 prisonniers juifs, venant pour la plupart des Pays-Bas, qui étaient officiellement destinés à être échangés contre des citoyens allemands internés par les Alliés. Il n'était pas exigé des prisonniers du "camp étoile" qu'ils portent l'uniforme des camps, mais ils devaient avoir l'étoile jaune cousue sur leur vêtement (d'où le nom du camp). Le camp hongrois fut construit en juillet 1944 pour plus de 1 600 Juifs hongrois, que Heinrich Himmler (chef de la Gestapo et des Waffen SS) prévoyait d'échanger contre de l'argent et des marchandises, à la suite d'une négociation du président de la communauté juive de Budapest. 200 femmes juives françaises, dont beaucoup avait un mari prisonnier de guerre en Allemagne, et certaines accompagnées de leurs enfants, furent internées dans le camp.