Début 1941, les Nazis classèrent Mauthausen comme seul camp de catégorie III, c'est-à-dire soumis au régime le plus dur. Selon le décret, Mauthausen était réservé aux prisonniers qui s’étaient rendus «coupables de crimes particulièrement graves, récidivistes, irrécupérables et asociaux, autrement dit personnes en détention préventive dont la rééducation est improbable». Ces détenus étaient soumis à des conditions barbares, dont la plus cruelle consistait à devoir gravir les 186 marches de la carrière du camp en portant de lourds blocs de pierre. Ces marches étaient connues parmi les prisonniers comme «l’Escalier de la Mort».

Régulièrement, les prisonniers du camp de Mauthausen faisaient l’objet de «sélections». Ceux que les Nazis jugeaient trop faibles ou trop malades pour travailler étaient séparés des autres détenus et tués dans la chambre à gaz du camp, dans des camions à gaz ou au centre d’extermination d’Hartheim situé à proximité, qui avait été ouvert dans le cadre du programme d’euthanasie. A l’infirmerie, les médecins du camp utilisaient des injections de phénol pour tuer les détenus trop faibles pour travailler. Ces mêmes médecins soumirent aussi des prisonniers du camp à des expériences médicales pseudo-scientifiques (injections de testostérone, infestation par les poux, inoculation de la tuberculose et opérations chirurgicales).

Même si la plupart des détenus furent tués par balles, par pendaison, des suites des coups reçus, de dénutrition ou de maladie, Mauthausen n’en disposait pas moins d’une chambre à gaz où pouvaient être assassiner environ 120 personnes à la fois. En général, elle était utilisée quand de nouveaux convois de déportés arrivaient. Des meurtres de masse étaient spécialement organisés à l’intention des dignitaires nazis qui visitaient le camp, comme ce fut le cas pour Heinrich Himmler, Ernst Kaltenbrunner et Baldur von Schirach, qui purent assister au gazage par une petite lucarne pratiquée dans la porte d’entrée.

MAUTHAUSEN : TRAVAIL FORCE ET SOUS-CAMPS
 
Les détenus de Mauthausen étaient systématiquement utilisés comme travailleurs forcés. Au début, les prisonniers furent employés à la construction du camp et dans la carrière de pierre voisine, Pendant la guerre, la main-d’œuvre des détenus des camps de concentration devint de plus en plus importante pour l’industrie d'armement allemande. A l’été et à l’automne 1944, des sous-camps dépendant de Mauthausen furent créés à proximité d’usines d’armement dans tout le nord de l’Autriche. On comptait plus de 60 de ces sous-camps, dont Gusen, Gunskirchen, Melk, Ebensee et Amstetten. Des milliers de prisonniers y travaillaient et souvent y moururent d’épuisement.

LA LIBERATION DE MAUTHAUSEN
 
Lors de l’avance des forces alliées vers l’intérieur de l’Allemagne, les Nazis commencèrent à évacuer les camps de concentration situés à proximité du front pour empêcher la libération de nombres élevés de prisonniers. Des convois provenant des camps évacués, en particulier d’Auschwitz, de Sachsenhausen et de Gross-Rosen, commencèrent à arriver à Mauthausen début 1945. Le camp fut de plus en plus surpeuplé, ce qui entraîna une détérioration des conditions, déjà terribles auparavant. De nombreux prisonniers moururent de dénutrition ou de maladie. Une épidémie de typhus contribua à réduire plus encore la population du camp.

On estime que 199 400 prisonniers passèrent par Mauthausen entre la création du camp en 1938 et sa libération en mai 1945, et que 119 000 – dont un tiers étaient des Juifs - sont morts à Mauthausen et dans ses sous-camps. Les troupes américaines libérèrent Mauthausen le 5 mai 1945.