Las víctimas del programa de eutanasia incluían originalmente niños y adultos con incapacidades o anomalías físicas o con enfermedades mentales. Los médicos de T4 seleccionaban pacientes para la muerte. Estos médicos raramente examinaban personalmente a los pacientes en este proceso; a menudo basaban sus decisiones sobre los documentos médicos y los diagnósticos del personal de las instituciones donde las víctimas se hallaban internadas.

Los que eran seleccionados eran transportados por el personal de T4 a los sanatorios que servían como instalaciones centrales de gaseamiento. Les decían a las víctimas que iban a someterse a una evaluación física y tomar una ducha para desinfectarse. En vez, eran asesinados en cámaras de gas usando monóxido de carbono puro. Sus cuerpos eran inmediatamente quemados en crematorios adyacentes a los edificios de gaseamiento. Las cenizas de las víctimas cremadas eran tomadas de una pila común y puestas en urnas sin preocuparse de la identificación correcta. Una urna era enviada a la familia de cada victima, junto con un certificado de muerte enumerando una causa y fecha de muerte ficticia. La muerte imprevista de miles de personas hospitalizadas, cuyos certificados de muerte enumeraban causas y lugares de muerte extrañamente similares, dió lugar a sospechas. Eventualmente, el programa de eutanasia se convirtió en un secreto a voces.