آلمانی ها و همدستانشان 1.5 میلیون کودک- از جمله بیش از یک میلیون کودک یهودی و ده ها هزار کودک کولی، کودکان آلمانی با معلولیت های جسمی و ذهنی که در آسایشگاه ها زندگی می کردند، کودکان لهستانی و کودکان ساکن در اتحاد جماهیر شوروی اشغالی- را به قتل رساندند. شانس زنده ماندن نوجوانان یهودی و غیر یهودی (13 تا 18 ساله) بیشتر بود، چرا که می توانستند آنها را به بیگاری بگمارند.

سرنوشت کودکان یهودی و غیر یهودی را می توان به این صورت طبقه بندی کرد: 1) کودکانی که هنگام ورود به مراکز کشتار به قتل می رسیدند؛ 2) کودکانی که بلافاصله پس از تولد در آسایشگاه ها به قتل می رسیدند؛ 3) کودکان متولد شده در محله های یهودی نشین و اردوگاه ها که به دلیل آنکه زندانیان آنها را مخفی می کردند، زنده می ماندند؛ 4) کودکان اغلب بیش از 12 سال که به عنوان کارگران مجانی و یا سوژه های آزمایش های پزشکی مورد استفاده قرار می گرفتند؛ 5) کودکانی که طی عملیات تلافی جویانه یا به اصطلاح ضد پارتیزانی کشته می شدند.

در محله های یهودی نشین، کودکان یهودی از گرسنگی، سرما یا گرما و کمبود پوشاک و پناهگاه جان خود را از دست می دادند. مقامات آلمانی نسبت به این مرگ و میر دسته جمعی بی تفاوت بودند، چرا که آنها بسیاری از کودکان محله های یهودی نشین را بی مصرف و در نتیجه "خورندگان بی فایده" قلمداد می کردند. از آنجا که کودکان به طور کلی کوچکتر از آن بودند که به بیگاری گماشته شوند، مقامات آلمانی آنها را در گروه افراد مسن، بیمار و از کار افتاده قرار می دادند تا در اولین تبعیدها به مراکز کشتار فرستاده شوند یا به عنوان اولین قربانیان گورهای دسته جمعی تیرباران شوند.

مقامات اردوگاه اکثر کودکان را به محض ورود به آشویتس- برکناو یا دیگر مراکز کشتار مستقیماً به اتاق های گاز می فرستادند. نیروهای اس اس و پلیس در لهستان و اتحاد جماهیر شوروی تحت اشغال آلمان هزاران کودک را لب گورهای دسته جمعی تیرباران کردند. برخی اوقات، انتخاب کودکان برای انتقال به مراکز کشتار یا به عنوان اولین قربانیان عملیات تیرباران، حاصل تصمیم گیری عذاب آور و جنجالی رؤسای شورای یهود بود. تصمیم شورای یهود مبنی بر تبعید کودکان به مرکز کشتار خلمنو در سپتامبر 1942 در لودز از نمونه گزینش های غم انگیزی بود که بزرگسالان هنگام مواجهه با خواسته های آلمانی ها انجام دادند. اما یانوش کورچاک، رئیس پرورشگاهی در محله یهودی نشین ورشو از ترک کودکان تحت مراقبت خود که برای تبعید انتخاب شده بودند، امتناع کرد. او خود نیز همراه کودکان به مرکز کشتار تربلینکا و اتاق های گاز رفت و در سرنوشت آنها شریک شد.

کودکان غیر یهودی برخی از گروه های مورد هدف نازی ها نیز جان سالم به در نبردند. در این میان می توان به موارد زیر اشاره کرد: کودکان کولی که در اردوگاه کار اجباری آشویتس کشته شدند؛ 5000 تا 7000 کودکی که قربانی برنامه "کشتن از سر ترحم" شدند؛ کودکانی که در عملیات تلافی جویانه به قتل رسیدند- مثل اکثر کودکان لیدیتسه؛ و کودکانی که در روستاهای اشغالی اتحاد جماهیر شوروی همراه با والدین خود کشته شدند.

مقامات آلمانی همچنین شماری از کودکان را در اردوگاه های کار اجباری و موقت محبوس کردند. پزشکان و محققان اس اس تعدادی از کودکان، از جمله دوقلوها را در آزمایش های پزشکی- که معمولاً به مرگ کودکان منجر می شد- مورد استفاده قرار دادند. مقامات اردوگاه های کار اجباری نوجوانان، بویژه نوجوانان یهودی را در اردوگاه های کار اجباری به بیگاری می گماشتند که بسیاری از آنها به علت شرایط آن مکان ها جان خود را از دست می دادند. مقامات آلمانی سایر کودکان را در شرایطی هولناک در اردوگاه های موقت نگاه می داشتند، مثل آن فرانک و خواهرش در برگن- بلزن و کودکان یتیم غیر یهودی که واحدهای نظامی و پلیس آلمان والدین شان را در عملیات به اصطلاح ضد پارتیزانی کشته بودند. برخی از این یتیمان در اردوگاه های کار اجباری لوبلین/ مایدانک و دیگر بازداشتگاه ها نگاه داشته می شدند.

متخصصان نژادی اس اس در "تحقیقات" خود "برای بازیافت خون آریایی" دستور دادند که صدها کودک در لهستان و اتحاد جماهیر شوروی اشغالی ربوده و به حکومت رایش منتقل شوند تا در خانواده های آلمانی که به لحاظ نژادی مناسب بودند، به فرزندی پذیرفته شوند. هر چند که پایه و اساس این تصمیمات " نژادی- علمی" بود، اما اغلب موی بور، چشمان آبی یا پوست روشن کافی بود تا آنان را شایسته برخورداری از "فرصت آلمانی شدن" بکند. از سوی دیگر، زنان شهروند لهستانی و روس که برای بیگاری به آلمان تبعید شده بودند و در اثر ارتباط جنسی- اغلب به اجبار- با مردان آلمانی باردار شده بودند، در صورت تشخیص "متخصصان نژادی" مبنی بر کافی نبودن خون آلمانی در فرزند خود، وادار به سقط جنین یا زایمان تحت شرایطی می شدند که موجب مرگ نوزاد می شد.

بسیاری از کودکان، به رغم آسیب پذیری شدید خود راه هایی برای بقا پیدا می کردند. آنها پس از اینکه اموال شخصی خود را خارج از محله با غذا و دارو معامله می کردند، آن کالاها را به طور قاچاقی وارد محله های یهودی نشین می کردند. کودکان فعال در جنبش های جوانان بعدها در فعالیت های مخفی نهضت مقاومت شرکت می کردند. بسیاری از کودکان همراه با والدین یا دیگر بستگان خود- و گاه به تنهایی- به سوی اردوگاه های خانوادگی تحت نظارت پارتیزان های یهودی می گریختند.

بین سال های 1938 و 1940، "انتقال کودکان" عنوانی غیر رسمی برای عملیات نجات بود که از طریق آن هزاران کودک پناهنده یهودی (بدون والدین) از آلمان نازی و سرزمین های تحت اشغال آلمانی ها به مکان های امن در بریتانیای کبیر منتقل شدند. برخی از غیریهودیان کودکان یهودی را مخفی می کردند و گاه- مانند مورد آن فرانک- دیگر اعضای خانواده کودک را نیز پنهان می کردند. در فرانسه، تقریباً تمام جامعه پروتستان "لوشامبون- سور- لینون" و همچنین بسیاری از کشیشان و راهبه ها و غیرروحانیان کاتولیک از سال 1942 تا 1944 کودکان یهودی را در شهر مخفی کردند. در ایتالیا و بلژیک، بسیاری از کودکان در مخفیگاه ها زنده ماندند.

پس از تسلیم آلمان نازی که به پایان جنگ جهانی دوم انجامید، پناهندگان و آوارگان سراسر اروپا را به دنبال کودکان گمشده گشتند. هزاران کودک یتیم در اردوگاه های آوارگان بودند. بسیاری از کودکان یهودی بازمانده در بخشی از خروج دسته جمعی (" بریها") در مسیر خود به سوی "ییشوو" ( محل سکونت یهودیان در فلسطین) از اروپای شرقی به مناطق غربی آلمان اشغالی گریختند. هزاران نفر نیز از طریق مهاجرت جوانان ("آلیا") به ییشوو و سپس به دولت اسرائیل پس از تأسیس آن در سال 1948 مهاجرت کردند.