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El éxito de un trasplante de células madre (troncales) de la sangre depende de las interacciones de los marcadores en la superficie de todas las células del cuerpo, incluyendo las células inmunes tanto del paciente como del donador. Normalmente, todas las células del cuerpo del paciente coexisten pacíficamente en un estado conocido como autotolerancia debido a que todas ellas portan las mismas proteínas "automarcadoras". Estas proteínas también se conocen como antígenos debido a que, si ellas se introducen a un nuevo ambiente, son capaces de estimular una reacción inmune poderosa. Esto es lo que ocurre cuando una preparación de células madre de la sangre con antígenos "extraños" es trasplantada en un(a) paciente cuyos antígenos de "lo propio" son muy diferentes.
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