Actividades ilegales – como contrabandear comida o armas, hacerse miembro de un movimiento juvenil, o asistir eventos culturales – ocurrían frecuentemente sin la aprobación de los consejos judíos (aunque en muchos casos el consejo judío sí patrocinaba actividades culturales).

En algunos ghettos, miembros de la resistencia judía organizaron insurrecciones armadas. La más grande fue la sublevación del ghetto de Varsovia en 1943. También hubo rebeliones violentas en Vilna, Bialystok, y Czestochowa, y varios otros ghettos más pequeños. En agosto de 1944, los nazis completaron la destrucción de Lodz, el ultimo ghetto importante.

En Hungría, la creación de los ghettos no empezó hasta la primavera de 1944, después de la invasión y ocupación alemana del país. En menos de tres meses, la policía húngara, en coordinación con los alemanes, deportó casi 440.000 judíos de los ghettos húngaros. La mayoría fueron mandados a Auschwitz-Birkenau. En Budapest, los judíos fueron confinados a casas marcadas (llamadas casas de la estrella de David). En noviembre, después de un golpe patrocinado por los alemanes, el partido fascista húngaro estableció formalmente un ghetto en Budapest. Alrededor de 63.000 judíos fueron confinados en un área de 0.1 milla cuadrada. Los 25.000 judíos con pasaportes protectivos (emitidos por países neutrales) fueron puestos en un ghetto “internacional” en otra sección de la ciudad. En enero de 1945, las fuerzas soviéticas liberaron Budapest y los judíos húngaros que estaban en los ghettos.