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Es una estrategia que se emplea para decodificar genomas de organismos. Consiste en generar múltiples fragmentos pequeños de ADN que luego son clonados en vectores y secuenciados. Seguidamente, se emplean computadores para encontrar homologías entre las secuencias generadas por superposición y luego éstas son ordenadas con base en algoritmos definidos, generando fragmentos de mayor tamaño. De esta manera, no es necesario al menos teóricamente emplear mapas físicos que permitan hacer el ordenamiento secuencial de los fragmentos hasta completar de nuevo el genoma que se está estudiando.
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