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Los microarreglos hacen posible comparar la expresión relativa de miles de genes en las células cancerosas y normales midiendo la intensidad y el color de la fluorescencia de cada sitio. Un programa de computadora (ordenador) puede entonces analizar los datos y hacer mediciones precisas de los genes expresados a niveles altos y a niveles bajos. La mayoría de los estudios de microarreglos ahora incluyen "análisis en racimo", el cual agrupa a los genes que tienen niveles similares de expresión.
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