Los microarreglos también serán útiles en el estudio del metabolismo de medicamentos. Los medicamentos son degradados en el cuerpo por proteínas y no todas estas proteínas son idénticas de persona a persona. Las variaciones genéticas conocidas como polimorfismos de nucleótido único (single nucleotide polymorphisms o SNPs), pueden resultar en pequeñas diferencias en las proteínas lo cual se traduce en diferencias mayores acerca de cómo funciona la proteína. Por ejemplo, tanto como un 40 por ciento de las personas tienen un SNP que causa una deficiencia en una proteína conocida como citocromo P450 CYP2C9, el cual es importante para el metabolismo de los medicamentos. Las deficiencias en esta proteína pueden dañar el metabolismo de 1 de cada 5 medicamentos que se encuentran actualmente en el mercado.