Un tercer grupo de inhibidores de la angiogénesis está dirigido en contra de uno de los productos iniciales elaborados por las células endoteliales que están creciendo, principalmente las MPMs, enzimas que catalizan la degradación de la matriz extracelular. Debido a que la degradación de la matriz es requerida antes de que las células endoteliales puedan migrar a los tejidos vecinos y proliferar en nuevos vasos sanguíneos, los fármacos (medicamentos) que ponen como blanco a las MPMs también pueden inhibir la angiogénesis.

Varias moléculas sintéticas y otras moléculas que existen naturalmente que inhiben la actividad de las MPMs actualmente se están evaluando para ver si el interferir con esta etapa de la angiogénesis prolongará la supervivencia de los pacientes con cáncer.