Un mapa físico describe las posiciones de los puntos sobresalientes en una cadena de ADN, de forma similar a un mapa de vías que muestra diversos puntos de interés a lo largo de una autopista. Los puntos sobresalientes pueden ser genes o marcadores genéticos o secuencias anónimas. Algunos mapas físicos están asociados con series contiguas de clones, como los YAC o los BAC, los cuales contienen el ADN correspondiente de esa región. Los mapas físicos de cromosomas pueden por lo tanto proporcionar información acerca de la ubicación de los genes y marcadores genéticos a lo largo de zonas bien definidas del genoma. A menudo están asociados con conjuntos de clones que proporcionan a los investigadores un acceso organizado al ADN de ese cromosoma. Los mapas físicos son particularmente importantes al buscar genes asociados con enfermedades por medio de estrategias de clonado posicional y para establecer la secuenciación de los cromosomas a medida que se efectúa, en el Proyecto Genoma Humano.

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