فرماندهی مرکزی ایالات متحده در اول ژانویه 1983 تأسیس شد. همانطور که از نام آن پیداست فرماندهی مرکزی ایالات متحده منطقه مرکزی جهان را که بین فرماندهی اروپا و اقیانوس آرام واقع شده است را پوشش می دهد. با بارز شدن ضرورت تحکیم منافع امریکا در منطقه به هنگام بحران گروگان و هجوم شوروی به افغانستان پرزیدنت جیمی کارتر نیروی عمل مشترک واکنش سریع (RDJTF) را در مارچ 1980 تأسیس کرد. به منظور رسیدن به یک راه حل پایدارتر و قوی تر در منطقه پرزیدنت رونالد ریگان گام هایی را به منظور تبدیل RDJTF به یک فرماندهی واحد دائمی در طول یک دوره دو ساله برداشت. اولین گام مستقل کردن RDJTF از فرماندهی آماده باش ایالات متحده و متعاقب آن فعالسازی فرماندهی مرکزی ایالات متحده در ژانویه 1983 بود. زمان زیادی صرف شد تا این تصور بدبینانه برطرف شود که فرماندهی هنوز از همه جهات بجز نامش یک RDJTF است که برای پشتیبانی از استراتژی جنگ سرد طراحی شده. جنگ ایران و عراق به وضوح تنش های رو به رشد در منطقه را آشکار کرد و تحولاتی نظیر عملیات مین گذاری ایران در خلیج فارس منجر به اولین عملیات درگیری فرماندهی مرکزی ایالات متحده شد.  در اواخر سال 1988 استراتژی منطقه ای هنور بطور عمده متمرکز بر تهدید بالقوه هجوم گسترده شوروی به ایران بود. فرمانده کل جدید فرماندهی مرکزی ایالات متحده ژنرال اچ. نورمن متقاعد شده بود که تحولات سیاسی بین المللی احتمال چنین رخدادی را ضعیف می کند. او توجه خود را معطوف به امکان بروز یک تهدید منطقه ای جدید– صدام حسین در عراق- نمود، و این نگرانی را در تمرین نظامی نگاه داخلی در تابستان 1990 منعکس کرد. شباهت ترسناکی بین نقشه های این تمرین نظامی و تحرکات نیروهای عراقی در عالم واقع که در حمله عراق به کویت در روزهای آخر تمرین به اوج خود رسید موجود بود. جورج بوش، رئیس جمهور امریکا به سرعت پاسخ داد. آرایش به موقع نیروها و تشکیل یک اتحاد، عراق را از حمله به عربستان سعودی بازداشت و این فرماندهی توجه خود را معطوف به آزادسازی کویت کرد. توسعه این نیروها ادامه یافت و بوسیله قطعنامه 678 شورای امنیت سازمان ملل که نیروهای عراق را به ترک کویت فرا می خواند تقویت شد. در 17 ژانویه 1991 امریکا و نیروهای متحد عملیات طوفان صحرا را با یک نبرد هوایی بازدارنده گسترده به اجرا گذاشتند که زمینه را برای یورش زمینی نیروهای متحد فراهم کرد. هدف اصلی اتحاد که آزادسازی کویت بود در 27 فوریه حاصل شد و صبح روز بعد درست 100 ساعت پس از آغاز حمله زمینی آتش بس اعلام شد. پایان جنگ پایان مشکلات مربوط به عراق نبود. اجرای عملیات تأمین آسایش به منظور ارائه کمک های انسان دوستانه به کردها و تقویت منطقه ممنوعه پرواز در عراق در شمال عرض 36 درجه در آوریل 1991 آغاز شد. در آگوست 1992 در پاسخ به عدم همکاری صدام با قطعنامه 688 شورای امنیت سازمان ملل که سرکوب بیرحمانه مردم را در جنوب شرقی عراق محکوم می کرد اجرای عملیات دیده بانی آغاز شد. تحت فرماندهی و کنترل نیروی عمل مشترک آسیای جنوب شرقی اجرای نیروهای متحد در این عملیات منطقه ممنوعه پرواز را در جنوب عرض 32 درجه تقویت کردند. در ژانویه 1997 عملیات دیده بانی شمالی جایگزین تأمین آسایش شد که تأکید آن بر تقویت منطقه ممنوعه پرواز شمالی بود. در طول دهه 90 عملیات فرماندهی مرکزی ایالات متحده مانند جنگجوی بیدار، نگهبان بیدار، نبرد صحرا، طوفان صحرا )1 و 2( و روباه صحرا یا پاسخی بود به تهدیدهای عراق علیه همسایگانش و یا تلاشی در جهت تقویت قطعنامه های شورای امنیت سازمان ملل در مواجهه با ناسازگاری های مداوم صدام. دهه 1990 همچنین چالش های مهمی را در مورد کشور سومالی در افریقای شرقی و تهدید فزاینده تروریسم منطقه ای پیش رو نهاد. برای جلوگیری از بروز قحطی گسترده ناشی از جنگ های قبیله ای این فرماندهی در 1999 به منظور فراهم نمودن کمک های انسان دوستانه به سومالی و شمال شرقی کنیا اقدام به اجرای عملیات تأمین آسایش نمود. عملیات احیا امید فرماندهی مرکزی ایالات متحده قطعنامه 794 شورای امنیت سازمان ملل و نیروی عمل متحد چند ملیتی را مورد پشتیبانی قرار داد که تا می 1993 که سازمان ملل فرماندهی مرکزی ایالات متحده دوم را ایجاد کرد امنیت را تأمین می کرد.  به رغم برخی موفقیت های فرماندهی مرکزی ایالات متحده در مناطق روستایی شرایط در موگادیشو رو به وخامت نهاد و یک سلسله درگیری های شدید نهایتاً پرزیدنت بیل کلینتون را وادار کرد که دستور عقب نشینی تمام نیروهای ایالت متحده را از سومالی صادر کند. در طول دهه، در پی جنگ خلیج فارس حملات تروریستی فشار زیادی را به نیروهای فرماندهی مرکزی ایالات متحده در منطقه وارد آورد. در مواجهه با حملاتی نظیر بمب گذاری برجهای خبار در سال 1996 که در طی آن 19 تن از اعضای نیروی هوایی امریکا کشته شدند، فرماندهی اقدام به عملیات تمرکز بر صحرا به منظور انتقال پایگاه های امریکا به مواضع قابل دفاع تر (مانند پایگاه هوایی پرنس سلطان)، کاهش دامنه نفوذ امریکا با حذف مجوزهای غیرضروری و برگرداندن افراد متبوعشان به کشور نمود. در سال 1998 تروریست ها به سفارتخانه های امریکا در کنیا و تانزانیا حمله کردند که در پی آن 250 نفر که 12 تن از آنها امریکایی بودند کشته شدند. حمله به USS Cole در اکتبر سال 2000 که منجر به مرگ 17 تن از ملوانان امریکایی شد به تشکیلات القاعده بن لادن نسبت داده شد. حملات تروریست ها به خاک امریکا در 11 سپتامبر 2001 منجر به اعلان جنگ پرزیدنت جورج دبلیو بوش علیه تروریسم بین المللی گردید. طولی نکشید که فرماندهی مرکزی ایالات متحده عملیات آزادی پایدار را به منظور خارج کردن دولت طالبان از افغانستان که به تروریست های القاعده پناه داده بودند را به اجرا درآورد. تهدید از جانب دولت صدام حسین افزایش یافت و بدلیل امکان دستیابی دولت عراق به سلاح های کشتار جمعی یک اتحاد نظامی عملیات آزادی عراق را برای آزادسازی مردم عراق از سرکوب صدام آغاز نمود. در پی شکست رژیم طالبان در افغانستان و دولت صدام حسین در عراق فرماندهی مرکزی ایالات متحده به فعالیت خود برای تأمین امنیت دولت های منتخب جدید در این کشورها، هدایت فعالیت های ضد شورشی و کمک به نیروهای امنیتی کشورهای میزبان برای تأمین امنیت خود ادامه داده است. همچنین از اکتبر 2002 فرماندهی مرکزی ایالات متحده هدایت عملیاتی را در شاخ افریقا به منظور کمک به کشورهای میزبان برای مبارزه به تروریسم، برقرار ساختن یک محیط امن و ایجاد ثبات منطقه ای به عهده داشته است. این فعالیت ها عمدتاً در قالب کمک های بشر دوستانه و مدیریت پیامد و انواع فعالیت های مدنی است. همچنین این فرماندهی به منظور ارائه کمک در شرایط بحرانی در سراسر منطقه مستقر باقی مانده است و از جمله مهمترین فعالیت های آن می توان از کمک رسانی به زلزله زدگان اکتبر 2005 پاکستان و تخلیه وسیع اتباع امریکایی از لبنان در سال 2006 نام برد.