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En una etapa temprana de la meiosis, cada par de cromosomas se copia a sí mismo. Estos homólogos se encuentran todos unidos en el centrómero y están enrollados muy apretados alrededor el uno del otro. Inmediatamente antes de que los juegos de duplicados de homólogos se separen y se movilicen hacia un extremo diferente de la célula para completar la primera división, la recombinación puede ocurrir, a medida que el material genético entrelazado se separa. Entonces, más tarde en la meiosis, una segunda división ocurre y hasta los cromosomas dentro de un homólogo se movilizan aparte, dejando sólo un número haploide (n) en cada óvulo o espermatozoide. Si las mutaciones ocurren durante la meiosis, ya sea en el óvulo o en el espermatozoide, éstas serán mutaciones de línea germinal.
Si el óvulo o espermatozoide mutado entonces continúa hacia la fertilización, sus mutaciones de línea germinal serán transferidas a cada célula somática en el nuevo individuo.
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