� GenBank Entries |
NCBI Submitted SNP ID
NCBI Reference SNP ID
|
Genomic location |
NT_022459�
NT_022459.12
AC024437.3
|
ss� 3259114 |
Chr
3 |
|
rs 2311046 |
79,101,158 |
Polymorphism(ancestral/derived, if
known) |
Orientation with respect
to GenBank accession (+/-) |
|
A/T |
Minus
strand |
Reference Sequence�
|
5' flank: acataatttt acagggaaaa agattggaag agctaaataa
actatttatc catgtttgag ���������
agtaaaattt aataaactct tgccaaaata caaatagttt atctatatga agcagtcatg ���������
gattctacat cctatcacat gaatttatgg ataagataaa caaagaacaa caccttgagg ���������
gattaaagca cagcagcagt aagttttgac agggtgggga gaatgctgaa tagaaaatgc ���������
tgccaggaag gcaaacgtgc tggaggcacc acagcatggg ggacagggag acaggcccat ��������� gc Observed:� W(a/t) 3' flank: ggaggctggc accgagggaa aagagagttt cccagactag
ttagttctga atggctatta ��������� cgcaagccct
ggttaaggcc taaagtggac agagcagaga gagacagaga gagagagaaa ���������
gagagagaga atgtgtgata gtgagagaga gagagagaga gagagtgacc ataagagaga ���������
tttagtatgt tccttaaatg cataacttaa aagaacatca aatatttgct ttctctgtaa ���������
taaaaatatt gagtatatat atattggagg ttaaaaaggg acagtggtgg gggcagaggt ���������
tggcagggtg ttgagggact tgcatgagca agaacatgag gactgccatt ccaattaatc ���������
agtgttttac ctttgtcatg caaagtctgc tcatctgctt aattaagata gtcaagtcct ���������
ttgtgtacaa tttggattat caagttgtaa acattcaaaa tagttttagg tttatcttct ���������
ctgatctgct agcacga � |
|
Panel (No. of Individuals) |
Allele 1 Frequency |
Allele 2 Frequency |
References |
|
FSS
N. European (86) |
A = 60% |
T= 40% |
1 |
|
FSS
Indo-Pakistani (33) |
A = 53% |
T = 47% |
1 |
|
FSS
Afro-Caribbean (29) |
A = 71% |
T = 29% |
1 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Detection
Protocol |
PCR Primer/Probe Sequences |
Reference |
|
FSS
URP Autosomal SNP Detection Protocol |
Forward
Primer(s) : gggagacaggcccatgc(a/t) |
1 |
|
Reverse� Primers�
:� gccattcagaactaactagtctggga |
||
|
Detection
probe�� :�� n/a |
General Comments�
Present in FSS� Autosomal SNP Multiplex Assay (1)
Amplicon size in PCR (2)� : 113bp
PCR Cycling Conditions : 95c 11mins ; 94c 30s,
����������������������������������������� 60c 15s, 72c 15s, 60c 15s, 72c , 60c 15s, 72c 30s�� x6�� Cycles
����������������������������������������� 94c 30s, 76c 105s������������������������������������������ ����������x29 Cycles
����������������������������������������� 94c 60s, 60c 30s, 72c 60s���������������������������������������� x3�� Cycles
����������������������������������������� 60c 10mins
URP Sequences :� Forward Universal Sequence 1: cgacgtggtggatgtgctat gggagacaggcccatgca
����������������������������������� Forward Universal Sequence 2: tgacgtggctgacctgagac
gggagacaggcccatgct
����������������������������������� Reverse Universal Sequence��� : caagctggtggctgtgcaag gccattcagaactaactagtctggga
�References
1
FSS SNP PAPER