� GenBank Entries |
NCBI Submitted SNP ID
NCBI Reference SNP ID
|
Genomic location |
� NT_008046
NT_008046.13�
AC027258.2
|
ss� 2384956 |
Chr
8 |
|
rs 1542931 |
91,669,649 |
|
Polymorphism
(ancestral/derived, if known) |
Orientation with respect
to GenBank accession (+/-) |
|
C/G |
plus
strand |
Reference Sequence�
|
5' flank: ttagagattt gaggtggggt aaggggcatg gtgttcgggg
acaacattgt cctctgggag ���������
ctcagcatct tcttgataga tgagtcatgc acatggagaa aattgaatat ttttcttttc ���������
tttttttttt ttcttttttt tgagacagag tcttgctctg tctcccaggc tggagcgcag ���������
tggtgcaatc tcggctcacc gcaacctcca cctcccaggt tcaagagatt ctcctgcctc ���������
cgcctcccga gtagctggga ctacaggcgc ttgccaccat gcccggctaa ttttttgggg ���������
ttttgttcag cagagacagg gtttcactct gttagccagg atggtctcga tctcctgacc ���������
tcatgatcca cctgcctcgg cctcccaaag tactgggatt acaggcgtga gccactgcac ���������
ctggcgaaaa ttgattaatt ttcaacatca acgtcaacag
cacaactctg ctacagcgaa ���������
gagctacagc aaatgaagca tcaataattt tcaatg Observed:�
S(c/g) 3' flank: gttcacaatg caagaggcat cactaagcca
aatgagtgag aaaacaccct aatgcattag ������ ���agttctgagg aggaagaggt ct |
|
Panel (No. of Individuals) |
Allele 1 Frequency |
Allele 2 Frequency |
References |
|
FSS
N. European (86) |
C = 73% |
G = 27% |
1 |
|
FSS
Indo-Pakistani (33) |
C = 74% |
G = 26% |
1 |
|
FSS
Afro-Caribbean (29) |
C = 62% |
G = 38% |
1 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Detection
Protocol |
PCR
Primer/Probe Sequences |
Reference |
|
FSS
URP Autosomal SNP Detection Protocol |
Forward
Primer(s) : gatgcctcttgcattgtgaac(g/c) |
1 |
|
Reverse� Primers�
:� gctcaacagcacaactctgctacagc |
||
|
Detection
probe�� :�� n/a |
General Comments�
Present in FSS� Autosomal Snp Multiplex Assay (1)
Amplicon size in PCR (2)� : 113bp
PCR Cycling Conditions : 95c 11mins ; 94c 30s,
����������������������������������������� 60c 15s, 72c 15s, 60c 15s, 72c , 60c 15s, 72c 30s�� x6�� Cycles
����������������������������������������� 94c 30s, 76c 105s������������������������������������������ ����������x29 Cycles
����������������������������������������� 94c 60s, 60c 30s, 72c 60s���������������������������������������� x3�� Cycles
����������������������������������������� 60c 10mins
URP Sequences :� Forward Universal Sequence 1: cgacgtggtggatgtgctat gatgcctcttgcattgtgaacg
����������������������������� Forward Universal Sequence 2: tgacgtggctgacctgagacgatgcctcttgcattgtgaacc
����������������������������� Reverse Universal Sequence��� : caagctggtggctgtgcaaggctcaacagcacaactctgctacagc
�References
1
FSS SNP PAPER